Von Menaggio führte in römischer Zeit die Via Regina, eine römische Straße, die den Flusshafen von Cremona mit Clavenna (Chiavenna) verband und durch Mediolanum (Mailand) führte. Einige Gräber und Grabsteine, die in der Gegend gefunden wurden, stammen aus der römischen Zeit (darunter eines, das Lucius Mincius Exoratus gewidmet ist, von dem sich der Ortsname angeblich ableiten soll).

Die Gründung der Diözese Como im Jahr 386 brachte die Errichtung von Menaggio an der Spitze der gleichnamigen Pfarrei mit sich, die vom Presbiter (später Erzpriester) der Kirche Santo Stefano geleitet wurde und mit einem am Seeufer gelegenen und San Giovanni geweihten Baptisterium ausgestattet war.

Nach dem Untergang des Römischen Reiches wurde das Gebiet zuerst von den Goten und dann im Jahr 535 von den Byzantinern eingenommen. Diese wurden 568 von den Langobarden abgelöst, die Menaggio mit einem Signalturm ausstatteten, der am Seeufer errichtet wurde.

Im Jahr 1140 vergab der deutsche König Konrad III. Menaggio als Lehen an einen gewissen Ardizzone de Castello.

Im 13. Jahrhundert kam es zu Streitigkeiten zwischen zahlreichen Familien des Comer und Mailänder Adels. In diesem Zusammenhang wurde Menaggio 1295 von den Comaschi erobert, die den Lehnsherrn Littardo de Castello (der in Bellagio Zuflucht suchte) in die Flucht schlugen und die Burg Menaggio an Matteo I. Visconti übergaben.

Die besondere Verbindung zwischen der Via Regina und Menaggio findet sich noch in den Statuten von Como aus dem Jahr 1335, in denen die comune burgi de Menaxio als Ortsvorsteher erwähnt wird, der für die Instandhaltung des Straßenabschnitts zuständig war, der von den maronellos seu arbores que sunt in somo ad introitum Saxi Ranzii bis ad casaritium quod est in medio Saxo Rantio in costa führte. Im ersten Viertel des 16. Jahrhunderts wurde Menaggio zum Ziel von Expansionsbestrebungen der Bündner der Republik der Drei Bünde. Nachdem die Stadt 1516 und 1521 mit Feuer und Schwert bedroht wurde, erfolgte 1523 ein Angriff, bei dem die Burg Menaggio zerstört wurde.

Mit der Vertreibung der Graubündner aus den Gebieten des mittleren Comer See durch die Mailänder, wurde Menaggio wieder Teil des Herzogtums Mailand bis zum Ende des 18. Jahrhunderts. In diesem Zusammenhang folgte auf die schwierige Periode der spanischen Herrschaft, die durch zwei Jahrhunderte Banditentum gekennzeichnet war, eine Periode unter den Österreichern ab 1714.

Menaggio war im Herbst 1944 das Hauptquartier des Centro antiribelli der 6. Kompanie der 11. Schwarzen Brigade unter dem Kommando von Emilio Castelli, dem stellvertretenden Federale von Como. Das Anti-Rebellen-Zentrum war verantwortlich für zahlreiche Folterungen und den Tod von 19 Partisanen, darunter die Ermordung von Enrico Caronti, genannt Romolo, am 23. Dezember 1944. Am 26. April 1945 beherbergte das Zentrum Benito Mussolini bei seinem Fluchtversuch aus Italien.