היישוב העתיק היה קולוניה יוונית ופיניקית, ונקרא בפיניקית, על פי מטבעות שנטבעו במקום וכן כתובות מקרתחדשת, ???????? ???????????????????? (רש מלקרת, כלומר "ראש מלקרת")[1][2] וביוונית Κεφαλοίδιον או Κεφαλοιδίς[3] (על שם הסלע הרם היוצר לשון יבשה הנכנסת אל תוך הים - מיוונית κεφαλή, "קפלה", ראש); על המטבעות היווניים מהעיר הוטבעה דמותו של הרקלס (מקבילו של מלקרת) לצד הכיתוב HΡAKΛEIΩTAN או HΡAKΛEIΩTΩN.[4]

ההיסטוריון תוקידידס מעיד על כך שהימרה הייתה ההתיישבות היוונית היחידה במפרץ, אך שקפלודיום הייתה מצודה השייכת להימרה ושהאנשים הראשונים שהתיישבו באזור היו התושבים שנמלטו מחורבנה של הימרה ההרוסה. שמה של העיר הוזכר לראשונה בתקופה של המשלחת הקרתחדשתית תחת המצביא חימילקו בשנת 396 לפנה״ס, כאשר כרת הסכם שלום עם מתיישבי האזור. אך לאחר תבוסת קרתחדשת, דיוניסיוס הראשון הפך את עצמו לשליט האזור. במלחמה הפונית הראשונה נהרסה צ'פלו על ידי צי רומי בראשות אטיליוס קלטינוס וסקיפיו נסיקה, אך על ידי תככים ומזימות ולא על ידי כוחות צבאיים. לפי דעתו של קיקרו צ'פלו הייתה באותו זמן עיר משגשגת שנהנתה מתנאים עירוניים מלאים, אך באותו זמן צ'פלו הייתה אחד מהיישובים שתושביו שילמו את מעשרות הדגן שלהם למדינה הרומית, וסבלו קשות מהדיכויים ומהסחיטות של גאיוס ווארס.

במהלך שלטון הביזנטים העיר הוזזה ממקומה המקורי למקום אחר, אף על פי שהעיר העתיקה המקורית מעולם לא ננטשה לגמרי. בשנת 858, לאחר מצור ארוך, העיר נכבשה על ידי הערבים, ובמאות הבאות הייתה חלק מאמירות סיציליה.

ב-1063 העיר נכבשה על ידי הנורמנים, וב-1131 הזיז רוג'רו השני, מלך סיציליה את העיר ממקומה הבלתי נגיש אל מקומה הנוכחי מתחת לסלע, היכן שהיה נמל קטן אך איכותי, והחל בבנייתה של הקתדרלה הנוכחית. בין המאה ה-13 ל-1451 הייתה העיר שייכת למשפחות פיאודליות, ולאחר מכן הוכפפה לבישופות של צ'פלו.

בשנת 1857, במהלך איחוד איטליה, נורה הפטריוט סלבדור ספינוצה כאן למוות. העיר נהפכה לחלק מממלכת איטליה בשנת 1861.