Pada tahun 90, Vedishri, anakanda kepada Raja Satavahana, Satakarni, "Raja Dakshinapatha, pemilik cakra Kedaulatan yang tidak berhenti", menjadikan Junnar, 30 batu di Pune utara, sebagai ibu negara. Pada awal abad ke-14, orang Yadav Devgiri digulingkan oleh kerajaan Muslim dari utara. Sejak itu, wilayah ini dikuasai oleh beberapa kerajaan yang bergelar Kesultanan Deccan.

Pada abad ke-17, orang Maratha di bawah pimpinan Shivaji Raje Bhosale bangkit menentang kekuasaan Mughal. Setelah perjuangan sepanjang hayat menentang Mughal dan kuasa-kuasa Islam yang lain, ia membangun sebuah negeri yang merdeka dengan militer yang kuat. Pada tahun 1680, sewaktu kematian Shivaji, hampir seluruh wilayah Deccan takluk dalam kerajaannya. Maka itu, ia dianggap sebagai bapak negeri Maratha.

Setelah India meraih kemerdekaan pada tahun 1960, negara bagian Maharashtra yang sebelumnya terpecah wilayah-wilayah tengah India dipersatukan kembali.