Nell'Età del Ferro la linea di costa si trovava a circa 5 km ad ovest del luogo dove sorse il centro abitato. Il litorale non era molto distante dal sito della città etrusca di Spina. In età romana imperiale l'avanzamento della linea di costa verso est produsse un'ampia laguna. Inizialmente disabitata, fu colonizzata dagli abitanti dei dintorni come luogo di rifugio dalle pericolose incursioni dei popoli barbari. Furono colonizzate per prime tredici piccole isole (cordoni dunosi litoranei) formatesi dall'intersecarsi della foce dell'antico corso del Po col mare.

Il centro abitato vero e proprio ebbe quasi certamente origine da un castrum posto lungo l'antico corso del Po sorto tra il VII e l'VIII secolo[1]. Il cristianesimo vi si diffuse provenendo dalla vicina Ravenna. A testimonianza del periodo tardo-romano (V-VI secolo) restano i monasteri di Santa Maria in Padovetere (nella Valle Pega) e Santa Maria in Aula Regia. Successivamente fu fondata la diocesi. Il primo vescovo conosciuto di Comacchio fu Vincenzo, attestato all'inizio dell'VIII secolo.
In seguito all'invasione longobarda, iniziata nel 568, tutti i territori circostanti il Delta del Po furono perduti dall'Impero romano. Ma non Comacchio, che fu saldamente difesa dai Bizantini. Unico centro commerciale dell'area deltizia, Comacchio continuò a ricevere i rifornimenti di olio e spezie dalle navi provenienti da Costantinopoli[2]. In questo periodo si sviluppò, sia sul piano dell'urbanistica sia su quello dell'economia, come città lagunare. Arrivò a disporre di un'importante flotta navale.

Tra il VII e l'VIII secolo il territorio di Comacchio venne donato ai monaci di san Colombano, che vi allestirono il porto fluviale. Inoltre migliorarono lo sfruttamento delle saline, il cui prezioso prodotto era trasportato in tutto il nord d'Italia. Nel 715 la città concluse un trattato commerciale con i Longobardi. Nel capitolare vennero descritte le norme e le tasse a carico dei comacchiesi per poter esercitare il commercio del sale nelle regioni della Pianura padana sottomesse all'autorità longobarda. I Longobardi ne fecero un loro possedimento diretto con re Liutprando († 744). In epoca carolingia, cioè dall'anno 774 al IX secolo, la proprietà delle saline fu distribuita fra l'Abbazia di Bobbio ed i monasteri di San Pietro in Ciel d'Oro di Pavia, della Novalesa, Leno, San Sisto di Piacenza e del vescovado di Reggio Emilia.[3]

Nei secoli dal VII al IX Comacchio dispose di una delle più potenti flotte dell'Adriatico[4]. Le navi di Comacchio ottennero il monopolio dei commerci padani. Si trattava di imbarcazioni lunghe mediamente 15 metri e larghe 2,70 metri, a fondo piatto e con un pescaggio di circa 80 cm[5]. Nell'810 Carlomanno prese in prestito le navi comacchiesi per portare il suo attacco a Venezia[6].

Venezia non accettò la presenza di un'avversaria nella sua stessa area geografica[7]. Nell'anno 866 i veneziani occuparono Comacchio e la saccheggiarono per la prima volta. Nell'875 Venezia stessa fu minacciata dalle incursioni dei saraceni, i quali si scagliarono contro Comacchio, incendiandola.

Comacchio fu assediata e conquistata dalla Serenissima per ben cinque volte nel corso dell'Alto Medioevo finché entrò nei territori controllati dagli Este a partire dal 1299. Con la devoluzione di Ferrara allo Stato Pontificio e la fine del ducato estense, nel 1598, l'intera provincia, Comacchio compresa, rientrò tra i possedimenti della Santa Sede. Papa Clemente VIII unì la città valliva al territorio nella neonata Legazione di Ferrara. Fece parte dello Stato Pontificio fino al marzo 1860, quando i territori dell'ex Legazione delle Romagne furono annessi al Regno di Sardegna per effetto dei plebisciti.

Comacchio è tra le città decorate al valor militare per la guerra di liberazione, insignita della medaglia di bronzo al valor militare per i sacrifici delle sue popolazioni e per l'attività nella lotta partigiana durante la seconda guerra mondiale

 

Medaglia di bronzo al valor militare

«Antichissima Città del Delta Padano, sopportò con animo intrepido i lunghi mesi di lotta che la videro insorgere contro l'occupazione nazifascista. Pur avendo il centro abitato e i fiorenti centri agricoli del territorio comunale subite violente devastazioni per bombardamenti, la sua indomita gente,minacciata di forzato esodo, sdegnosamente reagiva con strenua decisione alla tracotanza nazista, infliggendo, nelle immediate retrovie del fronte, gravi perdite alle forze armate nemiche con il risultato di attenuare nella zona la sua operatività. All'insurrezione popolare dell'aprile 1945 contribuiva fattivamente alla liberazione del proprio territorio, riconfermando il retaggio delle sue luminose tradizioni patriottiche. Comacchio, settembre 1943 - aprile 1945»
— 7 aprile 1986[8]

Fra i cittadini di Comacchio, la massima onorificenza al valor militare è stata concessa al partigiano Edgardo Fogli.