Le origini del borgo risalgono all'epoca romana; il nome stesso del paese deriva probabilmente da Gens Cornelia, famiglia proprietaria del territorio.

Durante il medioevo, analogamente ai borghi vicini, fu dominio dei conti di Lavagna, dei signori di Carpena, dei vescovi di Luni.
Nel 1254 il papa Innocenzo IV indusse Guglielmo, vescovo di Luni, a cederne il possesso a Nicolò Fieschi, che lo mantenne fino al 1276, quando, sconfitto da Oberto Doria, dovette trasferirne il dominio alla Repubblica di Genova.

Traccia nelle costruzioni d'epoca medievale possono essere viste in Via Fieschi, dove alcune case sorgono su parte di un edificio medievale, e nei pressi della piazza "Largo Taragio" da cui, salendo, si accede alla "Torre", antico presidio difensivo costruito nel XVI secolo con permesso della famiglia Fieschi, per difendersi dalle incursioni turche.[1]

Nel luglio 1525 Corniglia fu aggredita dal pirata ottomano Dragut che vi rapì uomini, donne e bambini. I pirati provenivano da un analogo saccheggio ai danni di Monterosso e proseguirono alla volta di Manarola dove furono respinti.