Il nome deriva, forse, dal latino Manium arula, che significa "piccolo tempio dedicato ai Mani", ma questa etimologia rimane ancora molto incerta.

Manarola ebbe origine dalle migrazioni congiunte di popolazioni che dalla Val di Vara e dall'insediamento romano di Volastra si sono mosse verso il mare, quando il pericolo delle razzie musulmane fu drasticamente ridotto dall'energica reazione della flotta genovese.
Come tutti i centri costieri liguri, anche Manarola fu esposta alle frequenti incursioni di pirati, prima saracene e poi turche. In particolare si ricorda l'aggressione del luglio 1545 di una flottiglia di galee del corsaro ottomano Dragut; l'attacco fu felicemente respinto dagli abitanti grazie anche all'aiuto della vicina Riomaggiore.