Lo stesso argomento in dettaglio: Storia dell'Indonesia.

Sotto l'influenza dell'Induismo e del Buddhismo, numerosi regni si formarono sulle isole di Sumatra e Giava dal VII al XIV secolo. L'arrivo di mercanti arabi, provenienti dallo stato del Gujarat (in India), portò alla diffusione dell'Islam, che divenne la religione predominante.

Nel XVI secolo i Portoghesi fondarono numerose colonie, tra cui Banten, Flores, Makassar e le Isole Molucche (Ambon, Ternate e Tidore). L'impero portoghese perse questi possedimenti dopo la sua sconfitta nella guerra olandese-portoghese.

A partire dal 1602, gli Olandesi si stabilirono lentamente nell'attuale Indonesia, sfruttando il frazionamento in piccoli regni: in breve tempo le Indie orientali olandesi divennero uno dei possedimenti coloniali più ricchi del mondo, grazie al commercio delle spezie. Nel 1609 un accordo fu stretto tra le Indie Orientali Olandesi e il sovrano Saboa Tangan. Tra il XVII e il XVIII secolo il potente sultanato di Sambas assoggettò gli altri imperi limitrofi, divenendo per un ventennio il più ampio impero indonesiano. Nel 1824 il trattato anglo-olandese sancì la separazione tra i territori indonesiani e la Malesia britannica.

I Paesi Bassi governarono l'Indonesia fino alla seconda guerra mondiale, prima come colonia fino allora sotto il controllo della Compagnia olandese delle Indie orientali, poi, dal XVII secolo direttamente alle dipendenze del governo olandese. Fra le due guerre mondiali si sviluppò un movimento di indipendenza indonesiano, che aveva come capi studenti e giovani professionisti, molti dei quali vennero imprigionati per le loro attività politiche.

Durante il secondo conflitto mondiale, con i Paesi Bassi occupati dalla Germania, il Giappone invase la colonia e organizzò un comitato provvisorio con a capo il leader indipendentista Sukarno, Mohammad Hatta e Kyai. Nel marzo del 1945 il Giappone organizzò un comitato indonesiano per l'indipendenza. Il 17 agosto, nel contesto della guerra d'indipendenza indonesiana, Sukarno proclamò l'indipendenza e, il 17 dicembre 1949, dopo 4 anni di guerra e trattative, la regina Giuliana dei Paesi Bassi riconobbe l'indipendenza della colonia. Il primo presidente fu Sukarno e il suo vice Mohammad Hatta.

Dagli anni cinquanta, Sukarno adottò politiche progressivamente più autoritarie[1], con una politica estera aggressiva[2], la chiusura dei giornali più critici verso il suo operato[3][4] e la repressione militare dei ribelli del PRRI (Governo Rivoluzionario della Repubblica d'Indonesia)-Permesta.[5] Negli anni sessanta ci furono scontri armati con la Malaysia e gravi difficoltà economiche. Nel 1962 all'Indonesia venne annessa la Nuova Guinea Occidentale, che era rimasta sino ad allora colonia olandese, assegnandole il nome di Irian Jaya.

Nel 1965, con un colpo di Stato fiancheggiato dagli Stati Uniti, salì al potere il generale Suharto, che purgò le forze armate e il parlamento di tutti gli elementi filo-Sukarno, eliminando i membri del Partito comunista indonesiano, sciolse i sindacati ed eliminò la libertà di stampa, uccidendo nel processo tra 500 000 e più di un milione di persone, per la maggioranza simpatizzanti comunisti, socialisti, contadini poveri e appartenenti alla minoranza cinese.[6]

Nei 32 anni al potere Suharto incoraggiò gli investimenti esteri che produssero una crescita economica del paese, ma si arricchì personalmente e favorì i familiari grazie a una diffusa corruzione, promuovendo al contempo una politica estera aggressiva fatta di annessioni e massacri. Nel 1998, dopo grandi proteste popolari e a causa di una crisi finanziaria, fu costretto alle dimissioni.

Fra il 1998 e il 2001 l'Indonesia ha avuto tre presidenti: Jusuf Habibie, Abdurrahman Wahid e Megawati Sukarnoputri. Il 12 ottobre 2002, nell'isola di Bali, un attentato suicida di gihadisti musulmani contro alcuni locali turistici, frequentati principalmente da turisti occidentali, ha provocato la morte di 202 persone. Nel 2002, dopo 24 anni di occupazione indonesiana e tre di amministrazione ONU, Timor Est diventa indipendente. Anche altre regioni rivendicano l'indipendenza, in particolare Aceh (nord di Sumatra) e Papua, la sezione indonesiana dell'isola di Nuova Guinea.

Nel 2004 le elezioni furono vinte da Susilo Bambang Yudhoyono. Il 26 dicembre 2004 la costa occidentale dell'isola di Sumatra, tra cui la provincia di Aceh, è stata prima colpita e devastata da un immane terremoto, che ha raggiunto magnitudo 9, e successivamente spazzata da un imponente tsunami che ha provocato onde di risalita alte fino 25 m, rendendo quest'area la più devastata dal maremoto dell'Oceano Indiano, con più di 200 000 morti.