Zie Geschiedenis van Oezbekistan voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

De val van het Mongoolse Rijk in Centraal-Azië bracht in de 15e eeuw verschillende Oezbeekse dynastieën aan de macht, die er onder meer de onafhankelijke rijken Chiva, Buchara (Bochara) en Kokand stichtten. Geleidelijk aan annexeerde en koloniseerde Rusland deze islamitische kanaten en emiraten rond Xiva, Buchara en Kokand in de laatste 30 jaar van de 19e eeuw en bracht ze uiteindelijk onder in het immense Midden-Aziatische generaal-gouvernement Turkestan van het Russische Rijk. De Oezbeken kwamen tot aan de Eerste Wereldoorlog meermalen in opstand. Tijdens de Russische Burgeroorlog (1918-1922) was Centraal-Azië een van de gebieden waar de oorlog het langst voortduurde, vooral door het verzet van de Basmatsji's, die een islamitische staat wilden. Al in 1918 werd eveneens de communistische Turkestaanse Autonome Socialistische Sovjetrepubliek opgezet.

Het verzet tegen het Rode Leger was halverwege de jaren 1920 grotendeels neergeslagen en in 1924 werd de Oezbeekse Socialistische Sovjetrepubliek gevormd, waartoe tot 1929 eveneens de Tadzjiekse Socialistische Sovjetrepubliek behoorde. Gedurende het Sovjetregime was er een intensieve productie van het 'witte goud' (katoen) en graan, wat leidde tot overgebruik van agrochemicaliën en water. Hierdoor is een deel van het land zwaar vervuild en het Aralmeer en een aantal rivieren (vooral de Amu Darja) zijn hierdoor grotendeels verdroogd.

Oezbekistan werd in 1991 onafhankelijk met het uiteenvallen van de Sovjet-Unie. Sindsdien probeert het land zijn afhankelijkheid van de landbouw te verminderen, en zijn mineralen– en aardoliereserves te gebruiken. Huidige zorgen zijn ook moslimterrorisme en de ermee gepaard gaande inperking van de godsdienstvrijheid, mensenrechten en democratie.

Islom Karimov was sinds de onafhankelijkheid van het land president. In 1989 was hij reeds leider geworden van de toenmalige deelrepubliek van de Sovjet-Unie. Karimov hield het land in een stevige greep. Er was een oppositie, maar de verkiezingen werden steevast een overwinning voor Karimov en zijn partij. Vooral de militante islam werd stevig onderdrukt.

In 2001 sloot Karimov een verdrag met de Verenigde Staten, die vanuit Oezbekistan hun strijdkrachten in Afghanistan mochten bevoorraden. Toen echter in 2005 een demonstratie in de stad Andijan bloedig werd neergeslagen en het Westen stevige kritiek liet horen, sloot Karimov de Amerikaanse basis en zocht zijn toevlucht bij Rusland en China. Er werden bij een demonstratie 700 mensen gedood door het leger.[1] Enkele jaren later sloot echter ook Pakistan zijn grens met Afghanistan voor Amerikaanse goederen, waardoor de bevoorrading van de ISAF-troepen in gevaar kwam. Vandaar dat de Westerse machten wederom bij Karimov aanklopten voor hulp. Hierdoor ontstond een breuk tussen Oezbeekse milities in Noord-Afghanistan en de ISAF-troepen, omdat veel Oezbeekse milities fel gekant waren tegen Karimov en zij de knieval zagen als erkenning van Karimovs regime. Daarna verdubbelde het aantal leden van Oezbeekse milities in Afghanistan binnen enkele maanden, en ontstond tijdelijk een onveilige situatie rond steden als Kunduz, waar de milities voor het eerst in jaren weer Taliban toelieten op grond van het feit dat zij dezelfde vijand hadden.

Karimov overleed in september 2016 zonder een opvolger te hebben aangeduid. Op 4 december 2016 werden verkiezingen gehouden en Sjavkat Mirzijojev werd met 88,6% van de stemmen de tweede president van het land sinds de onafhankelijkheid in 1991.