Zweden begon met de bouw van de vesting in 1748, toen Finland nog onderdeel van het Zweedse koninkrijk was. De architect was de luitenant-kolonel Augustin Ehrensvärd, die zijn ontwerp baseerde op ideeën van Vauban. De vesting was nodig geworden nadat Peter de Grote met de oprichting van Sint-Petersburg en Kronsjtadt een sterke maritieme positie in de Oostzee had ingenomen.

De Finse Oorlog begon met de inval van Russische troepen op 21 februari 1808. Ze rukten snel op en op 2 maart werd Helsinki ingenomen door 2000 Russische soldaten.[1] De Zweedse commandant Carl Olof Cronstedt (1756-1820) had een garnizoen van 2500 man en verder nog 4000 Zweedse soldaten onder zijn bevel.[1] Zijn opdracht was de vesting zo lang als mogelijk in handen te houden en hij had voldoende munitie- en voedselvoorraden om een langdurige belegering te weerstaan. Op 19 maart nam de Russische artillerie de vesting onder vuur, maar dit leidde niet tot significante schade.[1] Ondanks zijn sterke positie en numerieke overmacht ging Cronstadt op 23 maart onderhandelen met de Russen en op 6 april werd een conditionele wapenstilstand afgesproken. Zou er geen Zweedse versterking komen dan volgde de overgave van de vesting op 3 mei. Er kwamen echter geen Zweedse schepen en volgens afspraak viel de vesting in Russische handen.[1] Deze overgave werd in 1809 gevolgd door de Vrede van Fredrikshamn, waardoor Finland een autonoom hertogdom binnen het Russische Keizerrijk werd en 600 jaar Zweedse heerschappij over Finland werd afgesloten.

Onder Russische heerschappij werd de vesting uitgebreid, er kwamen kazernes, een kerk en een ziekenhuis. Op sommige momenten waren er zo'n 13.000 soldaten aanwezig.

De vrede werd beëindigd door de Krimoorlog (1854-1856). Geallieerde strijdkrachten van Frankrijk en Engeland bombardeerden de vesting van 9 tot 11 augustus 1855. De schepen lagen buiten het bereik van de kanonnen van Svaeborg. In die twee dagen vuurden de geallieerden 20.000 kanonskogels af en vielen er 62 doden en 199 gewonden aan de Russische kant.[1] Suomenlinna raakte zwaar beschadigd, maar het werd niet veroverd en bleef dus in Russische handen. Na de Krimoorlog werd Suomenlinna gerestaureerd en opnieuw uitgebreid.