W 1832 roku inż. Franciszek Brotschneider wybudował na Rynku Podgórskim kościół, który pod koniec XIX wieku był w złym stanie technicznym i za mały dla parafii liczącej ponad 17 tys. wiernych. W 1905 roku obiekt wyburzono[1].

Nowy kościół został zbudowany w latach 1905–1909 według projektu Jana Sas-Zubrzyckiego, zgodnie z wzorcami architektury neogotyckiej, w miejscu dawnej klasycystycznej[2] świątyni. 13 maja 1905 roku poświęcono kamień węgielny proboszczem podgórskim Antoniem Gruszeckim[3][4], a 24 października 1909 kościół konsekrowano[1].

W 1999 roku decyzją ówczesnego proboszcza ks. Franciszka Kołacza, kościół poddano renowacji. Odnowiono ołtarz główny, ołtarze boczne, ambonę oraz organy. Przywrócono pierwotną kolorystykę, która została zatracona podczas renowacji w czasach ks. proboszcza Franciszka Mirka, kiedy zmieniono barwy na czerwono-niebieskie. Obecnie kościół ma biało-szare barwy, co przywróciło mu jego dawny charakter.