Pierwsze wzmianki o istniejącej na szczycie wzgórza Espinho pustelni pochodzą z 1373 roku, choć kult Świętego Krzyża w tych okolicach jest starszy i wiąże się z bitwą nad rzeką Salado w 1340 roku, w której połączone siły Królestwa Kastylii i Leónu oraz Portugalii pokonały muzułmanów, a w której arcybiskup Bragi walczył u boku portugalskiego króla Alfonsa IV[1]. Kolejne wzmianki o eremie i jego przebudowach, w postaci inskrypcji na Schodach Trzech Cnót, datowane są na lata 1494 i 1529[1].

W 1629 roku założono bractwo Bom Jesus do Monte, które zaplanowało i przeprowadziło prace, w wyniku których góra stopniowo nabrała charakteru kalwarii i stała się sanktuarium pielgrzymkowym[1].

W latach 1722–1740, z inicjatywy arcybiskupa Bragi Rodrigo de Moura Teles(inne języki), przeprowadzono kompleksową rozbudowę założenia. Z tego okresu pochodzi portyk (z herbem biskupim) i Schody Drogi Krzyżowej z pierwszymi kaplicami i fontannami oraz Schody Pięciu Zmysłów[1]. Wzniesiono także nowy kościół[1]. W latach 60. XVIII wieku za kościołem wybudowano kolejne trzy kaplice, związane z wydarzeniami mającymi miejsce po zmartwychwstaniu, jak również ustawiono barkowe fontanny z rzeźbami św. Jana, św. Marka, św. Łukasza i św. Mateusza, tworząc Dziedziniec Ewangelistów[1].

W 1784 roku kościół w centrum zespołu wyburzono i rozpoczęto trwającą prawie 30 lat (do 1811 roku) budowę nowej świątyni. Budynek zaprojektował Carlos Amarante(inne języki) na zlecenie arcybiskupa Gaspara de Bragança(inne języki)[1][2][3]. W tym okresie wybudowano również Schody Trzech Cnót[1].

W XIX wieku część terenu wokół bazyliki przekształcono w park, a w 1882 roku oddano do użytku kolej linowo-terenową, prowadzącą od bramy do sanktuarium aż na plac przed bazyliką[1].