Acredita-se que o templo Meenakshi tenha sido fundado por Indra (rei das divindades celestiais Devas, durante uma jornada de peregrinação para expiar os seus pecados. Indra sentira o alivio do fardo que carregava ao se aproximar do swayambu lingam (um objecto representativo de Shiva utilizada para adoração nos templos)[1] de Madurai. Indra atribuiu este milagre ao lingam e então construiu o templo para consagrá-lo. A literatura tâmil mencionou o templo ao longo dos dois últimos milénios. Thirugnanasambandar, o conhecido santo hindu da filosofia Saiva, menciona este templo já no século XVI, e descreve a divindade como sendo Aalavai Iraivan. Acredita-se que o templo foi saqueado pelo infame invasor Malik Kafur, em 1310, e com ele, todos os antigos elementos foram destruídos.[2] Uma iniciativa para reconstruir o complexo foi levada a cabo pelo primeiro rei Nayak de Madurai, Viswanatha Nayak (1559-1600) na supervisão de Ariyanatha Mudaliar, o primeiro-ministro da dinastia Nayak e fundador do sistema Poligar.[3] O projeto original de Vishwanatha Nayak, de 1560, foi substancialmente expandido tomando a forma da atual estrutura durante o reinado de Thirumalai Nayak (1623–1655).[4] O rei possuía um significativo interesse em erigir vários complexos dentro do templo. Para tal contribuiu na construção de Vasantha Mandapam para celebrar o vasanthorsavam (Festival da Primavera) e de Kilikoondu Mandapam (corredor dos papagaios). Os corredores do tanque de água do templo e Meenatchi Nayakar Mandapam foram construídos por Rani Mangammal.

Rous Peter (1786–1828), era o coletor de Madurai em 1812, que respeitava e tratava as pessoas de todas as religiões com igualdade. Esta atitude que tinha para com o povo valeu-lhe o nome popular de "Peter Pandian". No Sthala Varalaru do templo Meenakshi Sundareswarar, existe uma referência sobre um curioso incidente no qual se acredita que a deusa Meenatchi tivesse salvo Rous Peter de um acidente fatal. A história revela que numa noite, quando a cidade estava atormentada por relampagos e trovões, uma menina de três anos, apareceu na residência de Rous Peter e conduziu-o segurando a sua mão para fora da sua casa. Pouco depois, o edifício teria desabado. De acordo com Mr. Manivannan, após o incidente, Peter doou um conjunto de estribos de ouro cravejados com diamantes e pedras vermelhas ao templo. Atendendo ao seu desejo, Rous Peter foi enterrado numa posição que permitisse que os seus olhos estivessem de frente para o templo.

Durante a época dos primeiros reis pandianos, o rei tributava o povo para a construir este templo. As pessoas pagavam as taxas e doações com ouro e prata. Porém, o rei exigiu uma contribuição tão pequena quanto a de um saco de arroz para a ajuda na alimentação daqueles que construíam o templo; deste modo, os reis arrecadaram um punhado de arroz por dia de cada casa. Isto acabaria por acumular alguns sacos ao fim de um mês. As pessoas de todos os estratos sociais, contribuíram assim para a construção do templo. Assim sendo, cada família possui uma ligação afectiva com este local.