Toniná conheceu o seu apogeu durante o período clássico tardio, apesar do vale de Ocosingo se encontrar habitado pelo menos desde o período pré-clássico. O emergir de Toniná, coincide com uma mudança dinástica ocorrida no século VII. A nova dinastia, ambiciosa e militarista, contesta o poder regional de Palenque. Como frequentemente acontece, a nova elite dirigente ergueu-se sobre as fundações deixadas pelos seus antecessores.

Durante o período de renovação que se seguiu, Palenque e as povoações próximas foram atacadas por Toniná. Conjuntamente com Calakmul, Toniná acossa Palenque de forma constante a partir de 690. Pelo menos três senhores de Palenque são capturados. Um de entre eles, Kan-Xul II, foi decapitado cerca de 720. Em 730, Toniná saqueia Palenque, contribuindo para o seu declínio, enquanto Toniná atingia o seu apogeu na década seguinte. Era conhecida como o Lugar dos Cativos Celestiais pois havia detido numerosos cativos importantes. Estes últimos eram geralmente libertados contra o pagamento de pesados resgates ou decapitados. Numerosas esculturas de Toniná representam cativos submetidos à tortura ou decapitados.

Por volta de 900, a cidade foi reconstruída num estilo mais simples e austero. O último senhor de Toniná do qual existem referências foi Jaguar Serpente em 903. É a última vez que Toniná se apresenta como sociedade organizada. A presença de estelas encontradas no sítio de Toniná e datadas de 909 sugere que Toniná resistiu ao declínio maia e permaneceria uma sociedade activa após a queda de muitas cidades suas contemporâneas. Muitos dos ornamentos de Toniná eram feitos de estuque, e muitos dos mais antigos estão ausentes, quer porque hajam sido destruídos ou simplesmente apagados no período pós-clássico. A cidade em ruínas foi habitada intermitentemente e os seus túmulos reutilizados por uma população de origem desconhecida, talvez maias, mas com práticas culturais diferentes, sobretudo quanto à maneira de proceder ao enterro dos mortos, e que os arqueólogos decidiram baptizar a posteriori de 'cheneks'.