Conform unei legende, templul ar fi fost întemeiat acum aproximativ două mileni de zeul Indra în timpul pelerinajului său pe pământ pentru a-și ispăși greșelile comise. Templul ar fi fost dedicat zeului Shiva, dar mai cu seamă soției sale Parvati, numele de Meenakshi venind de la unul dintre avatarele sale. În secolul al VII-lea d.Hr, sfântul și poetul Sambandar a menționat locașul în scrierile sale. Templul a fost jefuit în anul 1314 de către invadatorii musulmani conduși de Malik Kafur. După acest incident decorațiunile antice au fost în mare parte distruse iar edificiul a devenit o ruină. Prima inițiativă de a reconstrui templului a venit din partea regelui Viswanatha Nayak, care între anii 1559-1600 a reușit să restaureze structura. Templul a fost totuși reconstruit între anii 1623-1655 din ordinul regelui Thirumalai Nayak.

Rous Peter (1786-1828), colector de Madurai în 1812, a primit porecla de Peter Pandian deoarece el era cel ce trata oamenii de diferite credințe în mod egal. El a donat pietre prețioase roși și aur pentru templu deoarece se spune că zeița Meenakshi l-a salvat de la un incident fatal. De asemenea, înainte să moară, a ordonat să fie îngropat cu fața spre templu.

În prezent, Meenakshi Amman este unul dintre cele mai importante temple din această parte a Indiei, atât pentru adepții hinduismului cât și pentru turiști. El atrage aproximativ 15.000 de vizitatori pe zi, în zilele din weekend numărul fiind mult mai mare. În timpul marelui festival religios Meenakshi Tirukalyanam, celebrat în perioada aprilie-mai, templul atrage aproximativ un milion de vizitatori, marea majoritate fiind pelerini.