Хотя, по археологическим данным, Бутан был населён ещё во II тысячелетии до н. э., письменных свидетельств о древних временах почти нет. История страны известна преимущественно эпизодами по причине того, что в 1827 году сгорела крупнейшая библиотека в тогдашней столице Бутана Пунакха. Исторические события теперь уже неотделимы от легенд. Судя по всему, буддизм проник в Бутан ещё во II веке. Также король Тибета Сонгцен Гампо (627—649), по легендам, построил на территории Бутана два монастыря (Кийчу Лакханг в Паро и Джамбей Лакханг в Бумтанге), которые сохранились до сих пор и являются важнейшими местами паломничества.

Хроники подробно описывают несколько визитов легендарного буддийского йогина Падмасамбхавы в Бутан в VIII веке.

 

Монастырь Такцанг-лакханг («логово тигрицы»), в котором расположены основные пещеры медитации Падмасамбхавы, около Паро.

Позднее в Тибете начал править царь Ландарма (836—842), запретивший буддизм и жестоко преследовавший буддийских монахов. Спасаясь от преследований, многие монахи и учёные нашли прибежище в Бутане.

Бутанский буддизм Друкпа Кагью берёт начало от ламы Цангпа Гьяре Еше Дордже, основавшего на Тибете монастырь Друк («дракон») в городе Ралунг. Эта школа укрепилась на окраинах Тибета, в Ладаке и в Бутане. Большую роль в развитии бутанского буддизма сыграл также Пема Лингпа, представляющий школу Ньингма.

Тибетский монах и художник Нгаванг Намгьял (Шабдрунг) (1594—1651) стал королём в 1616 г.; он смог объединить Бутан и организовал повсеместно строительство укреплённых крепостей (дзонгов), уступающих в обороноспособности разве что дворцу Потала в Лхасе. После смерти Шабдрунга Бутан погрузился в гражданскую войну, которая почти не прерывалась в течение двухсот лет.

В процессе экспансии Бутан занял подходы к реке Брахмапутре в Ассаме и Бенгалии (дуары или «двери»).

Во внутрибутанские конфликты активно вмешивались англичане. Отношения Бутана с Англией были сложными, с переменными периодами союзов и конфликтов. В результате Бутан утратил дуары и значительную территорию на юге (так называемый Британский Бутан в штате Ассам в современной Индии со столицей в городе Калимпонг).

Снова объединить и укрепить Бутан смог король Угьен Вангчук, основавший в 1907 году новую династию (которая правит до сих пор). В прошлом Угьен Вангчук участвовал в совместных с англичанами операциях, а в 1910 году первый король новой династии заключил с Англией мир, признав сюзеренные отношения в обмен на полную автономию и невмешательство Англии во внутренние дела Бутана. С этого времени начинается период изоляции Бутана, в течение которого Бутану удалось избежать участия в двух мировых войнах.

После объявления независимости Индии в 1947 году Бутан тоже стал независимым. Однако из-за изоляции Бутан не был представлен в ООН и международных организациях и ошибочно рассматривался мировым сообществом как индийский доминион. Позже Бутану пришлось бороться за вступление в ООН и доказывать свою юридическую независимость.

Третий король новой династии Джигме Дорджи Вангчук, вступивший на трон в 1952 году, начал политику постепенной модернизации. Китайское вторжение в Тибет заставило Бутан заключить пакт с Индией по защите Бутана от китайского вторжения, и до сих пор безопасность Бутана гарантируется индийскими войсками. Джигме Дорджи ввёл торговлю[уточнить] и активизировал денежное обращение в стране. Только в 1971 году Бутан вступил в ООН

Четвёртый король династии Джигме Сингье Вангчук вступил на трон в 1972 году и провёл ряд реформ. В Бутан стали допускаться в ограниченном количестве зарубежные журналисты и туристы. Король постарался обеспечить страну инфраструктурой (электричеством, телефонной и радиосвязью, дорогами), минимально затрагивая окружающую среду. В 1998 году король передал исполнительную власть кабинету министров, обеспечив сменяемость и ротацию высших чиновников. В 2002 году в Бутане было создано национальное телевидение (до этого телевидение было запрещено). Благосостояние страны постепенно повышается, совершенствуется и модернизируется инфраструктура. Тем не менее, Бутан крепко держится традиций.

14 декабря 2006 года четвёртый король Бутана Джигме Сингье Вангчук (род. 1955) отрёкся от престола в пользу своего сына, Джигме Кхесар Намгьяла (род. 1980)[1].