Początki historii Bhutanu są mało znane, lecz odnalezione kamienne narzędzia i megality wskazują, że tereny te zamieszkane były już między XX a XV wiekiem p.n.e. W VIII wieku indyjski jogin Guru Rinpocze (Padmasambhava) rozpowszechnił w Bhutanie buddyzm tybetański. Do początku XVII wieku Bhutan nie stanowił jednolitego państwa, tylko był złożony z wielu drobnych, wzajemnie zwalczających się prowincji. W 1450 w urodził się Pema Lingpa, czwarty z pięciu głównych tertonów w buddyzmie, który utworzył w pełni bhutańską odmianę tradycji ningma.

Shabdrung Ngawang Namgyal, lama przybyły w 1616 z Tybetu doprowadził do zjednoczenia kraju. Wprowadził system dwuwładzy świeckiej i religijnej oraz stworzył system ufortyfikowanych klasztorów. Po śmierci Shabdrunga w 1651 kraj ponownie był targany wojnami domowymi. W 1772 Bhutan po raz pierwszy został zaatakowany przez Brytyjczyków. Wielka Brytania zaatakowała ponownie w 1864 i po 5-miesięcznej walce, w 1865 podpisano pokój, na mocy którego Bhutan został zmuszony do zrzeczenia się części terytorium na południu, otrzymując jednak w zamian coroczną rekompensatę.

17 grudnia 1907 zgromadzenie reprezentantów mnichów buddyjskich, urzędników i ludności wybrało pierwszego dziedzicznego króla, którym został popierany przez Brytyjczyków Ugjen Łangczuk, kończąc tym samym system dwuwładzy. W 1910 król podpisał układ z Wielką Brytanią, w którym zgodził się na objęcie kraju brytyjskim protektoratem w zamian za podwojenie rekompensaty. Po odzyskaniu niepodległości przez Indie w 1947, w 1949 został podpisany bhutańsko-indyjski traktat o przyjaźni, na mocy którego zaanektowane przez Brytyjczyków bhutańskie prowincje zostały zwrócone, a Indie zobowiązały się prowadzić politykę obronną i zagraniczną oraz pomagać mu gospodarczo. Trzeci bhutański król, panujący od 1953 Jigme Dorji Wangchuck otworzył kraj na świat i doprowadził do przyjęcia w 1971 do ONZ. 10 lutego 1971 roku na podstawie Rezolucji Rady Bezpieczeństwa ONZ nr 292 Bhutan został członkiem ONZ[1].

W latach 1990–1991 wybuch niezadowolenia mniejszości nepalskiej zagroził stabilności kraju. Podczas zamieszek w Thimphu zginęło kilkaset osób, a znaczna część Nepalczyków została zmuszona do opuszczenia kraju. W XXI wieku powstała zbrojna partyzantka nepalska skupiona wokół Bhutańskiej Partii Komunistycznej (Marksistowsko-Leninowsko-Maoistowskiej) i jej zbrojnego ramienia Tygrysów Bhutanu.

18 lipca 2008 27-letni król Bhutanu Jigme Khesar Namgyel Wangchuck podpisał pierwszą konstytucję, przyjętą tego dnia przez parlament[2].