Эмират с центром в Харэре возник на развалинах древнего султаната Ифат-Адаль к началу XVI века, когда авторитет правивших султанов Ифат-Адаль из династии Валасма пал настолько, что с ними перестали считаться. Реальная власть оказалась в руках религиозных вождей — имамов. Особой известностью среди них пользовался Ахмед ибн Ибрагим аль-Гази. В 1527 году он начал войну с христианской Эфиопией. После упорных боёв Ахмаду удалось захватить большую часть Эфиопии, однако в феврале 1543 года он погиб в сражении, и христиане восстановили контроль над большей частью утерянных провинций.

В 1552 году мусульмане Харэра избрали своим имамом и эмиром племянника аль-Гази, Нур ибн Муджахида. В 1567 году, после его смерти, Адал оказался в состоянии хаоса. Несколько полководцев провозгласили себя эмирами и начали бороться за власть. Спустя 8 лет войну против христиан попытался возобновить эмир Мухаммад ибн Насир, но в 1576 году христиане нанесли опережающий удар, эмир Мухаммад и многие другие вожди мусульман оказались в плену и позже были казнены. Это была последняя попытка Харэра и прибрежных мусульман покорить христианскую Эфиопию. Вскоре после этого Мухаммад ибн Ибрахим провозгласил себя новым правителем Адаля и принял титул имама. После того, как жители Харэра отказались его признать, Мухаммад перенёс свою столицу в оазис Аусса. Отсюда имаму было затруднительно контролировать отдалённые районы страны, его авторитет пал, и реальная власть оказалась в руках местных эмиров.

Новое возвышение Харэра произошло только полвека спустя при эмире Али ибн Дауде, который вновь сделал этот город резиденцией имама. После его смерти в 1662 году Адаль окончательно распался на несколько самостоятельных эмиратов.

С конца XVIII века территория Харэрского эмирата сократилась, так что в XIX веке власть эмиров не распространялась за границы города.

В 1875 году Харэр захватили египтяне. Последний харэрский эмир Мухаммад ибн Али был взят в плен и в 1876 году казнён. До 1885 года город находился под египетским управлением, но затем власть перешла к сыну Мухаммада ибн Али Абдаллаху ибн Мухаммаду  (англ.) (рус.. В 1887 году против него выступил негус Шоа Менелик. В битве при Челенко  (англ.) (рус. в январе 1887 года войска эмира потерпели поражение. Харэр был присоединён к Шоа и в дальнейшем оказался в составе Эфиопии[1].

В начале XX века вокруг окруженного сплошной стеной средневекового города-крепости возникли новые жилые районы, размеры Харара увеличились[2].

В ходе итальянского вторжения в Эфиопию 8 мая 1936 года город захватили итальянские войска[3] и он был включён в состав колонии Итальянская Восточная Африка.

В январе 1941 года английские войска начали наступление против группировки итальянских войск в Абиссинии, одним из направлений их наступления являлось наступление на Харар — в то время второй по величине город страны. В ходе этого наступления британские войска без боя прошли через проход Марда и 25 марта 1941 года заняли Харар[4].

К началу 1957 года численность населения составляла около 40 тыс. человек, город был известен как центр торговли (в основном, кофе, зерновыми, хлопком, табаком и другой сельскохозяйственной продукцией), кустарного производства строительных материалов (кирпича, черепицы и цемента), кустарного производства текстильных изделий, изделий из дерева (мебель, корзины и др.) и кожи, также здесь действовали маслобойни и предприятия по первичной обработке кофе. Через город проходила автомобильная дорога Диредауа — Харгейса[5].

В 1975 году численность населения составляла 51 тыс. человек, город был известен как центр торговли (в основном, крупным рогатым скотом и сельскохозяйственной продукцией: кофе, зерновыми, фруктами), а также как центр производства гончарных изделий, кожевенного производства и кустарного производства металлоизделий. Через город проходили шоссе на Диредава и Аддис-Абебу[6]. Кроме того, город являлся одним из центров производства изделий из соломы[2].

В 1978 году в городе проживало 60 тыс. человек разных национальностей (харари, галла, амхара и сомали)[2].

В 1982 году население составляло 62 тыс. человек, город был известен как центр кустарного производства металлоизделий, кожевенного производства, также здесь действовали несколько маслобоен[7][8].

По данным переписи 1994 года население города составляло 76 378 человек.