Në shekullin e 13-të, shkolla Studium generale u themelua në manastirin Domenikane në Qytetin e Vjetër të Pragës. Kjo shkollë, duke përfshirë bibliotekën e saj, u bashkua me universitetin në shekullin e 14-të.

Në 1556, murgjit e Urdhrit të Jezuitëve ngritën një shkollë me konvikt, të quajtur Clementinum, në mbetjet e manastirit Domenikane. Nga viti 1622 e tutje, jezuitët administruan gjithashtu Universitetin e Charles, dhe të gjitha bibliotekat e tyre u vendosën në Clementinum.

Pas shtypjes së jezuitëve, universiteti u bë një institucion shtetëror në 1773, dhe në 1777 biblioteka e tij u shpall "Biblioteka Publike dhe Universitare Perandorake-Mbretërore" nga Maria Theresa . Edhe pas ndarjes së universitetit në një universitet çek dhe gjerman në 1882, biblioteka mbeti si një institucion i përbashkët.

Në vitin 1918, Biblioteka Publike dhe Universitare u mor nga qeveria e Çekosllovakisë së sapothemeluar. Më 1924, u themelua Biblioteka Sllave ( Slovanská knihovna ) dhe u zhvendos në Clementinum në 1929; ajo është ende një pjesë autonome e Bibliotekës Kombëtare. Në vitin 1935, biblioteka u riemërua "Biblioteka Kombëtare dhe Universitare" ( Národní a univerzitní knihovna ). Në të njëjtin vit, u prezantua një ligj për detyrimin ligjor të kopjimit të depozitave - një praktikë që daton që nga viti 1781, kur printerët e Pragës duhej t'i dorëzonin bibliotekës kopjet ligjore të depozitave të printimeve të tyre.

Megjithëse universitetet dhe kolegjet çeke u mbyllën pas pushtimit gjerman të Çekosllovakisë në 1939, biblioteka mbeti e hapur nën emrin "Biblioteka Komunale dhe Universitare" ( Zemská a univerzitní knihovna ).

Në vitin 1958, të gjitha bibliotekat e mëdha të Pragës u bashkuan në Bibliotekën e vetme të centralizuar Shtetërore të Republikës Çekosllovake ( Státní knihovna CSR ).

Në vitin 1990, riemërtimi i deritanishëm i bibliotekës rezultoi në emrin e saj aktual: Biblioteka Kombëtare e Republikës Çeke. Një ndërtesë e re magazinimi, Depozita Qendrore në Hostivař, u përurua në vitin 1996. [1]