Фамільна гробниця Тімура і спадкоємців імперії була споруджена в південно-західній частині міста в 1404 році (нині — вулиця Регістан). Мозаїка, зібрана зі світло- і темно-блакитної глазурованої цегли, прикрашає стіни і барабан, геометричний мозаїчний орнамент яскраво виблискує на сонці.

Цей шедевр середньоазіатської архітектури займає важливе місце в історії світової ісламської архітектури. Усипальня Тимуридів (саме так вона називається з 2009 року) послужила прообразом для відомих пам'ятників архітектури епохи Великих Моголів: мавзолею Хумаюна в Делі і мавзолею Тадж-Махал в Агрі, побудованих нащадками Тімура, які свого часу були правлячою династією Північної Індії.

Пам'ятник реставрувався в 1950-х роках (зовнішні куполи і глазур), масштабніші роботи по його відновленню було розпочато в 1967 році.

У 2014 році рішенням Міжпарламентської Асамблеї країн-учасниць СНД внесений до списку пам'яток «Перлин Співдружності»[1].

Будівництво мавзолею, почате в 1403 році, було пов'язане з раптовою смертю Мухаммад Султана, прямого спадкоємця еміра Тімура (Тамерлана) і його улюбленого онука. Завершив будівництво Улугбек, інший онук Тамерлана.

Під час правління Тімура мавзолей став родинним склепом Тімуридів. У цьому архітектурному ансамблі знаходяться могили самого Тімура, його синів Шахруха і Міран-шаха, а також онуків — Улугбека і Мухаммад Султана і тімуридів Абдулло Мірзо, Абдурахмон Мірзо, учитель і наставник Тімура Мір Саїд Барака. На підвищенні усипальні за мармуровою огорожею знаходиться невідомий надгробок якогось суфія Сайїда Умара. За версією Т. Саидкулова це міг бути шейх ад-дін Куляль. У мавзолеї був також похований син Абу Саїд тімурида і онук глави Узбецького улусу Абулхайрхана від дочки Хан-хаде бегім — Султан Мухаммад.[2]

Мавзолей був побудований в південно-східній частині середньовічного Самарканду, зведеного наприкінці XIV століття за наказом Мухаммад Султана. Із складу будівель ансамблю Мухаммад Султана виходить, що він замислював будівництво центру ісламської освіти, а не похоронний комплекс. Проте пізніше воля його владного діда надала інше значення ансамблю, центром якого став саме мавзолей. На початок XX століття збереглися тільки фундаменти медресе і ханаки, портал головного входу і частина одного з чотирьох мінаретів.

Під час правління Улугбека був зроблений дверний отвір, щоб забезпечити вхід в мавзолей. Поряд з могилою Тімура були поміщені мармурові надгробки його синів Миран-шаха і Шахруха і його онуків Мухаммад Султана і Улугбека. В той же час на могилі Тамерлана з'явилася легендарна нефритова плита, що містить епітафію[3]

У 1871 році військовий інженер З. Е. Жижемський підвів до мавзолею Гур-Еміру дорогу, яка зв'язувала цей пам'ятник з фортецею і що почав у цей час забудовуватися новим містом.

У 1941 році поховання в склепі були розкриті антропологом Герасимовим, і історичні відомості про вигляд Тімура, про насильницьку смерть Улугбека, про достовірність поховань інших тімуридів підтвердилися.

У 1916 році було перекладено склепіння над склепом і наново перероблено кам'яні підлоги.

У 1950-х роках були відреставровані зовнішні куполи і глазур.

У 1967 році було розпочато масштабні роботи по відновленню комплексу.

У 1996 році до 660-річчя Тамерлана по фотографіях і обмірних кресленнях, зроблених в XIX столітті, було відновлено два мінарети.