Ансамбль Шахі Зінда заснований тюркською династією Караханідів, надалі формувався протягом 9 століть і налічує понад двадцять споруд XI—XIV та XIX століть. До XVI століття називався Мазар шаха, маючи на увазі Кусам ібн Аббаса. З XVI століття став відомим під назвою Шох-і Зінда — «живий цар». За легендою, двоюрідний брат пророка Мухаммеда, Кусам ібн Аббас, прийшов до Самарканду з невеликим військом для утвердження ісламу. Під час одного з набігів язичників Кусам ібн Аббаса вразила стріла, але він зумів сховатися від очей невірних в утвореній ущелині (за іншою версією, у колодязі), де і живе дотепер. Оскільки в давнину арабські поховання не декорували кольоровими кахлями і розписами, оформляти приміщення для паломників, які прибули до могили Кусама, довелося у пізній період, і розпис стін нагадує декор приміщень у стилі модерн.

Найстаріші споруди ансамблю, від яких збереглися лише основи і надгробки, датуються епохою тюркської династії Караханідів (XI—XII ст.). Переважна більшість будівель відносяться до епохи Тимуридів (XIV—XV ст.), а перебудови XVI—XIX століть практично не вплинули на композицію і зовнішній вигляд комплексу. Мавзолеї мають бірюзове оздоблення або покриті темно-синіми кахлями з квітковими орнаментами.

Шахі Зінда — єдиний у Самарканді археолого-архітектурний пам'ятник, у якому, включаючи культурні нашарування Афросіаба, відбилася майже 25-вікова історія міста.

27 березня 1945 року Рада народних комісарів Узбецької РСР Постановою № 410 передала з ведення Управління у справах архітектури при Раді народних комісарів Узбецької РСР у користування Духовного управління мусульман Середньої Азії і Казахстану (САДУМ) сім найбільш відвідуваних вірянами (і раніше закритих державою) мазарів, серед яких був Шахі Зінда[1].

Поховання на території комплексу не проводилися із 1977 року.