Падманабхасвамі вважається одним з найдавніших храмів індуїстів. Перші згадки про нього відносяться до IV століття до нашої ери. Він кілька разів руйнувався і знову відбудовувався. Свого нинішнього вигляду храм зобов'язаний правителям Траванкора. Це королівство досягло найбільшого розквіту в XVIII столітті. Тодішній його правитель махараджа Мартанда Варма (роки перебування при владі: 1729—1758) розпорядився побудувати найбільший і найгарніший храм Вішну. Будувати його почали в 1731 році. У 1750 році відбулося урочисте відкриття храму.

У підземеллях храму тривалий час зберігалася скарбниця місцевих магарадж та пожертвування вірян богу Вішну. Наприкінці XIX століття скарбницю запечатали і доступ до неї був закритий. У 2011 році Верховний суд Індії дозволив відкрити підземелля храму, щоб провести облік цінностей та забезпечити належну їхню охорону. При процедурі розпечатання був присутній останній нащадок магарадж Траванкора. Для дослідження та оцінки скарбів запрошено археологів та спеціалістів Британського музею. Після відкриття скарбниці виявили скрині приблизно з 1 т золотих монет, 1 т золота в злитках і ювелірних виробах, мішки з діамантами та іншими дорогоцінними каменями. В одному зі сховищ виявили інкрустовані смарагдами і рубінами корони, золоті намиста, золотий ланцюг завдовжки 5,5 м, 36-кілограмове золоте «полотно», рідкісні монети різних країн, а також статую бога Вішну, що лежить на змії Ананта-Шеше, виконану з чистого золота, заввишки 1,2 м.

За попередніми оцінками, знайдені скарби коштують майже трильйон індійських рупій, тобто понад 22 млрд доларів США. При оцінці враховані лише вага золота та його ринкова вартість без врахування історичної та художньої цінності виробів.

Всього було відкрито 5 кімнат із скарбами. Останню, шосту, кімнату заборонили відкривати священослужителі храму, бо на ній знаходиться малюнок із зображенням кобри, який вказує на прокляття, що охороняють цю кімнату.