Lịch sử  Mặt trời chiếu sáng trên các đụn cát Sahara. Sa mạc Sahara Một Butte (ngọn đồi đứng riêng rẽ) được điêu khắc tự nhiên bởi gió, tại AlgerieGiai đoạn gia súc

Tới năm 6000 TCN các tiền triều đại Ai Cập ở vùng phía tây nam Ai Cập đã biết chăn nuôi gia súc và xây dựng những ngôi nhà lớn. Sự sinh sống tại các khu định cư cố định, có tổ chức trong xã hội tiền triều đại Ai Cập ở giữa thiên niên kỷ thứ 6 TCN tập trung chủ yếu vào ngũ cốc và gia súc nông nghiệp: gia súc, dê, lợn và cừu.[1] Các đồ dùng kim loại thay thế các đồ dùng đá trước đó.[1] Thuộc da gia súc, đồ gốm và dệt cũng đã xuất hiện nhiều trong thời kỳ này.[1] Có những dấu hiệu cho thấy sự chiếm cứ theo mùa hay chỉ tạm thời của Al Fayyum trong thiên niên kỷ thứ 6 TCN, với các hành động tìm kiếm lương thực tập trung chủ yếu vào, câu cá, săn bắn và hái lượm.[2] Các đầu mũi tên, dao và scraper đá có rất nhiều.[2] Những đồ vật dùng trong mai táng như bình, đồ trang sức, công cụ nông nghiệp và săn bắn và các thực phẩm như thịt khô và hoa quả.[1] Người chết được chôn quay mặt về hướng tây.[1]

Giai đoạn Berber

Người Phoenicia đã tạo ra một liên bang các vương quốc ngang qua toàn bộ Sahara tới Ai Cập, nói chung các vương quốc này đều nằm trên bờ biển nhưng cũng có một số trường hợp nằm trong sa mạc.

Tới năm 2500 TCN Sahara đã trở nên khô như ngày này và trở thành một bức tường chắn không thể xâm nhập đối với con người, chỉ có rải rác một số khu định cư xung quanh các ốc đảo, nhưng buôn bán và thương mại xuyên qua xa mạc hầu như chưa xuất hiện. Một trong những ngoại lệ chính là Thung lũng sông Nin. Tuy nhiên, con sông Nin có nhiều thác không thể vượt qua khiến thương mại và giao lưu khó thực hiện.

Ở khoảng thời gian nào đó giữa năm 633 và 530 TCN Hanno nhà hàng hải đã lập ra hay tăng cường các thuộc địa của Phoenicia ở phía Tây Sahara, nhưng mọi dấu tích quá khứ đều đã mất và thực sự không còn lại một dấu vết gì. Xem Lịch sử Tây Sahara.

Hy Lạp

Tới năm 500 TCN ảnh hưởng mới từ Hy Lạp và Phoenicia đến tới vùng này. Các thương gia người Hy Lạp đi dọc bờ biển phía đông sa mạc, thành lập lên những khu vực buôn bán dọc theo bờ Biển Đỏ. Người Carthaginia đã khám phá bờ biển Đại tây dương của sa mạc. Vì thiếu nước và thị trường nên bước chân của con người chưa bao giờ vượt quá phía nam Maroc hiện nay. Vì thế, các nước bao quanh sa mạc ở phía bắc và phía đông; nó vẫn nằm ngoài quyền kiểm soát của các nước này. Những cuộc chinh phục của người du mục Berber vào sa mạc luôn làm những người sống bên rìa lo ngại.

Văn minh đô thị

Một nền văn minh đô thị, Garamantes, đã phát triển trong khoảng thời kỳ này ở trung tâm Sahara, trong một thung lũng hiện được gọi là Wadi al-Ajal tại Fazzan, Libya. Nền văn minh Garamantes phát triển nhờ vào những con kênh đào qua các sườn thung lũng tới các ngọn núi dẫn nước vào các cánh đồng. Nền văn minh Garamantes trở nên đông đúc và mạnh mẽ, chinh phục những vùng xung quanh và bắt giữ nhiều nô lệ (để sử dụng vào việc mở rộng hệ thống kênh đào). Người Hy Lạp và người La Mã đã biết tới nền văn minh Garamantes và coi họ là những người du mục mọi rợ. Tuy nhiên, họ vẫn buôn bán với người Garamantes, và một bồn tắm La Mã đã được tìm thấy ở thủ đô Garama của Garamantes. Các nhà khảo cổ học đã tìm thấy tám thị trấn lớn và những khu định cư quan trọng khác trong lãnh thổ Garamantes. Nền văn minh Gartamantes cuối cùng đã sụp đổ sau khi họ không còn khai thác được nước ngầm dưới đất, và vì thế không thể tiếp tục mở rộng hệ thống kênh của mình vào sâu trong núi.[3][4]

Người Ả rập

Sự thay đổi lớn nhất trong lịch sử Sahara đến cùng cuộc chinh phục của người Ả rập, chính họ đã đưa lạc đà vào vùng này. Lần đầu tiên một mạng lưới thương mại hiệu quả xuyên sa mạc Sahara có thể thực thi. Các vương triều Sahel, đặc biệt là Đế quốc Ghana và Đế quốc Mali sau này trở nên hùng mạnh và giàu có nhờ xuất khẩu vàng và muối sang Bắc Phi. Các tiểu vương quốc dọc Địa trung hải đã mang hàng hóa và ngựa của họ xuống được phía nam. Muối được xuất khẩu từ chính Sahara. Quá trình này biến những cộng đồng ốc đảo rải rác trở thành các trung tâm thương mại, và nằm dưới quyền kiểm soát của các đế quốc trên bờ sa mạc.

Hệ thống thương mại này đã tồn tại qua hàng thế kỷ tới khi sự phát triển ở châu Âu và sự phát triển kỹ thuật hàng hải cho phép các con tàu, ban đầu từ Bồ Đào Nha nhưng ngay sau đó là toàn bộ Tây Âu, đi quanh sa mạc và thu thập các nguồn tài nguyên ở Guinea. Sahara nhanh chóng rơi lại vào tình trạng cô lập.

Các cường quốc thuộc địa cũng không chú trọng tới vùng này, nhưng ở thời hiện đại một số mỏ và các cộng đồng dân cư đã được phát triển để khai thác các nguồn tài nguyên thiên nhiên trong sa mạc. Các nguồn tài nguyên này gồm khối lượng lớn khoáng sản dầu mỏ và khí tự nhiên ở Algérie và Libya cũng như một lượng lớn khoáng sản phosphate tại Maroc và Tây Sahara.

Những sự phân tích mtDNA [5] đã cho thấy rằng nhiều cộng đồng dân cư đã góp phần tạo nên sắc dân hiện nay ở vùng Nam Maroc gồm Berber, Ả rập, Phoenicia, Sephardic Do Thái, và người Phi Hạ Sahara. Trên toàn bộ Sahara, người Berber, Ả rập, và người Phi Hạ Sahara đều có liên quan về mặt di truyền.

^ a b c d e Predynastic (5.500 - 3.100 BC) www.touregypt.net ^ a b Fayum, Qarunian (Fayum B) (about 6000-5000 BC?) www.digitalegypt.ucl.ac.uk ^ Lỗi chú thích: Thẻ <ref> sai; không có nội dung trong thẻ ref có tên Lakes ^ Keys, David. 2004. Kingdom of the Sands. Archaeology. Volume 57 Number 2, (March/April 2004)Abstract - retrieved March 13 2006 ^ Z. Brakez et al., "Human mitochondrial DNA sequence variation in the Moroccan population of the Souss area" extract www.ncbi.nlm.nih.gov