Този раздел е празен или е мъниче. Можете да помогнете на Уикипедия, като го разширите.

В древността островът е бил населен с тракийски племена и оттам идва и името му. Гърците се заселват към 7 в. пр.н.е. Тук е имало светилище на Великите богове, известно със своите религиозни мистерии, сходни на Елевзинските мистерии.

По време на Втората световна война (1941 – 1944) на Самотраки има българска администрация, също както и на съседния остров Тасос.