Das heutige Amasya ist der Nachfolger der antiken Stadt Amaseia. Die Geschichte der Stadt geht bis in hethitische Zeit zurück, ihre wichtigste Bedeutung erlangt sie jedoch im Hellenismus: Von ca. 300 v. Chr. bis 183 v. Chr. war Amaseia Hauptstadt des Königreiches Pontos, anschließend wurde die Hauptstadt in das am Meer gelegene Sinope verlegt. Im 3. Mithridatischen Krieg wurde die Stadt 70 v. Chr. von den Römern erobert und 64 v. Chr. zunächst der römischen Provinz Bithynia et Pontus, seit 25 v. Chr. der Provinz Galatia zugeordnet.

In der Spätantike war die Stadt Metropolis der Provinz Diospontus bzw. Helenopontus, in byzantinischer Zeit Sitz des Themas Armeniakon. Der christliche Soldat Theodor von Euchaïta erlitt hier um 306 den Märtyrertod; er soll den Magna-Mater-Tempel in der Stadt eingeäschert haben und wurde deshalb gefoltert und verbrannt.[1] 1076 wurde hier der verräterische normannische Söldner Roussel Frangopolos von Emir Tutusch an die Byzantiner unter Alexios Komnenos übergeben. Der Danischmenden-Emir Danischmend Ghazi eroberte die Stadt 1075 und hielt sie, bis sie im späten 12. Jahrhundert an den seldschukischen Herrscher Kiliç Arslan II. überging. 1386 wurde die Region um Amasya Teil des Osmanischen Reiches. In osmanischer Zeit erreichte Amasya ab 1396 als Residenz der Prinzen des Herrscherhauses eine Blütezeit und wurde als Bagdad von Rum oder Oxford des Ostens bezeichnet, da sich hier bedeutende Ausbildungsstätten befanden. Spätestens im 19. Jahrhundert aber verlor Amasya an Bedeutung.

Im Türkischen Befreiungskrieg rief Mustafa Kemal von hier aus am 22. Juni 1919 zum nationalen Widerstand auf und berief den Kongress von Sivas ein.

Das römisch-katholische Titularerzbistum Amasea geht auf das ehemalige Bistum mit Sitz in Amasya zurück.