Der Bau der ersten Moschee von Djenné lässt sich auf die Zeit zwischen 1180 und 1330 eingrenzen. Der Imam der Moschee Es-Sa'di schrieb 1620, dass im Jahr 1180 der Sultan Koi Kunboro vor 4200 Ulama öffentlich zum Islam übertrat. Anschließend stellte er seinen Palast den Gläubigen zur Verfügung und ließ ihn zur ersten Großen Moschee von Djenné umbauen. Seine beiden Nachfolger sollen noch die Türme und die Mauer hinzugefügt haben, so dass heute als Gründungsdatum das Jahr 1240 genannt wird.

Amadu Hammadi Bubu (auch: Sékou Amadou oder Seku Amadu), der Gründer des Massina-Reichs, ließ das Bauwerk 1834 zerstören und anschließend verfallen. Der Verfall wurde durch die Lehmbauweise, welche einer ständigen Überprüfung und Pflege bedarf, beschleunigt. Der Eroberer betrachtete die Moschee, da aus einem Palast entstanden, als zu üppig und luxuriös. Der einzige Teil, der vom ursprünglichen Gebäude übrig blieb, ist die Umfassung mit den Gräbern der lokalen Führer. Die zweite Moschee wurde bis 1896 auf Basis der alten Pläne wieder errichtet, war jedoch bescheidener gebaut. Sie wurde für die heutige Moschee jedoch wieder abgerissen, die sich in Größe und Aussehen an der ersten orientiert. Zu diesem Zeitpunkt war Djenné Teil von Französisch-Westafrika, und die Franzosen leiteten die Errichtung der Moschee und der nahe gelegenen Madrasa in die Wege und gaben politische und finanzielle Unterstützung. Der Bau der derzeitigen Großen Moschee begann 1906 und war wahrscheinlich 1907 oder 1909 abgeschlossen. Ismaila Traoré, der Vorsitzende der Maurergilde, leitete und überwachte den Bau. In welchem Umfang französische Ingenieure das Aussehen der Moschee beeinflussten, ist umstritten.[1]

Viele Moscheen in Mali erhielten mittlerweile eine elektrische Verkabelung und sanitäre Einrichtungen. In einigen Fällen wurden dazu die Oberflächen der Moscheen verkachelt. Dabei wurden das historische Erscheinungsbild und die strukturelle Integrität der Gebäude zerstört. Die "Große Moschee von Djenné" wurde zwar mit einem Lautsprecher-System ausgestattet, die Bürger von Djenné widersetzten sich jedoch erfolgreich der äußeren Modernisierung des Gebäudes. Seit 1996 auf dem Dach und im Gebetsraum Modeaufnahmen für die französische Ausgabe des amerikanischen Magazin Vogue gemacht wurden, dürfen Nichtmuslime die Moschee nun nicht mehr betreten.[2][3][4]

Anfang November 2009 stürzte der südliche Turm der Ostfassade ein, nachdem es innerhalb von 24 Stunden 75 mm geregnet hatte.[5][6] Der Wiederaufbau des Turms erfolgt im Rahmen von Restaurierungsarbeiten seit Januar 2009, die vom Aga Khan Trust for Culture finanziert werden.[7]

"Djenné : Une tour de la Mosquée s'effondre" 10/11/2009, Restoration works continue despite violent storms at the Great Mosque of Djenné, Maliweb (Memento des Originals vom 25. Februar 2012 im Internet Archive)   Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.maliweb.net