Ananda Deva Malla errege Mallak sortu zuen XII mendean Khwopa izenarekin. Hasiera hartan Ganesh jainko hinduaren hiru tenploren artean triangelu itxura zeukan hiriak. XVI menderarte Nepalgo hiri nagusia izan zen eta 1768an Prithvi Narayan Shah errege gurkhak herrialdea konkistatu zuenean Bhaktapurrek isolatuta gelditzea erabaki zuen hiri aske gisa.

Tibet, India eta Pokhararen elkargunea izateak eman zion aberastasuna gaur egun bere Durbar ederraren etxeen arkitekturan nabari da. XX mendean alemaniarren proiektu baten laguntzaz hiria garbitu eta berriztu egin zuten eta gaur egun Nepalgo toki turistikoenetakoa bihurtu da.