La ville fut fondée par le roi Ananda Deva Malla au XIIe siècle. Initialement, elle aurait été édifiée selon un plan en forme de conque, et sous le nom de Khwopa, pour devenir la capitale des râjas Malla qui succédèrent à la dynastie des Thâkurî. Carte plus vraisemblable, celle d'un mandala où la cité est incluse dans un « triangle magique » formé par trois temples de Ganesh à l'extérieur de la ville. Ce triangle est censé la protéger symboliquement.

Jusqu'au XVIe siècle, Bhaktapur a dominé politiquement et économiquement tout le Népal. Elle a maintenu cette position jusqu'à la conquête gorkha en 1769. Depuis ce temps, Bhaktapur a toujours constitué un monde à part, avec une autarcie économique mais aussi une féroce indépendance.