Le port de San Francisco s'étend le long de la baie de San Francisco du Golden Gate Bridge à l'ouest jusqu'à Candlestick Point à l'extrémité sud-est de la ville. Le port comprend plusieurs ensembles d'infrastructures : Marina district, Fisherman's Wharf, Embarcadero, Pier 70, etc.

En 2011, 1 088 272 tonnes de marchandises ont transité par le port de San Francisco. Mais tous les conteneurs passent désormais par le port d'Oakland situé de l'autre côté de la baie.

Le port de San Francisco accueille chaque année entre 60 et 80 paquebots et 200 000 passagers. Les croisières passant par San Francisco vont vers l'Alaska et le Mexique. Il existe trois marinas : Pier 39, South Beach Harbor et The Ramp.