L'arrivo dell'islam nell'VIII secolo fu molto importante nello sviluppo della regione del Maghreb. Il commercio si sviluppò ulteriormente, il territorio può essere stato una rotta commerciale, specialmente tra Marrakech e Timbuctù.

Nell'XI secolo gli arabi Maqil (meno di 200 individui) si stabilirono nel Marocco (principalmente nella valle del fiume Draa, tra il fiume Muluia, Tafilalet e Taourirt). Verso la fine del Califfato Almohadi, i Beni-Hassan, una sub-tribù dei Maqil, furono chiamati dai governanti locali del Sous per reprimere una ribellione. Si stabilirono nel Ksar e controllarono città come Taroudant. Durante la dinastia dei Merinidi, i Beni-Hassan si ribellarono, ma furono sconfitti dal sultano e scapparono oltre il fiume Saguia el-Hamra.

Il Sahara Occidentale fu una colonia spagnola con il nome di "Sahara spagnolo" dal 1884. Nel 1934 fu creata l'amministrazione del Sahara Spagnolo, che fu così diviso dai territori denominati Marocco spagnolo, un protettorato costituito dalla parte nord del paese più le varie enclavi inserite sulla costa, distinto dalla zona controllata dai francesi. I confini interni furono definiti lungo il XX secolo delimitando chiaramente il confine a nord col Marocco, con l'Algeria a nord-est e con la Mauritania a est e a sud.

Nel 1957 il Marocco invase l'enclave spagnola di Sidi-Ifni, chiamata dalla Spagna guerra dimenticata (guerra di Ifni), ma fu sconfitto alla fine da un contingente spagnolo e francese. Riuscì comunque ad ottenere la cessione del territorio del Capo Juby. Nasce nel 1958 la Provincia spagnola del Sahara, 51ª provincia spagnola, dall'unione dei territori di Saguía el Hamra e Río de Oro, e nel 1960 si tennero le prime elezioni locali.

Nel 1967 vi fu una rottura nel percorso Saharawi verso l'indipendenza che si era indirizzato precedentemente su un percorso politico ed essenzialmente non violento. Il momento della rottura fu rappresentato da un evento chiamato l'Intifada di Zemla, che provocò la reazione spagnola. Nel 1973 venne fondato, sulla continuazione di un movimento precedente, il Fronte Polisario guidato da El-Ouali che iniziò subito la lotta armata, dapprima contro gli spagnoli e successivamente contro i marocchini e i mauritani.

Il 14 novembre 1975 la Spagna, dopo la Marcia verde effettuata dal Marocco, firmò gli accordi di Madrid e nel febbraio 1976 lasciò il possedimento. Così il territorio fu inizialmente spartito tra il Marocco (che annesse la regione settentrionale nota come Saguia el Hamra e parte della regione meridionale nota come Tiris al-Gharbiyya) e la Mauritania (che annesse la parte meridionale del Tiris el Gharbia).

Contemporaneamente il 27 febbraio 1976 fu proclamata la Repubblica Democratica Araba dei Sahrawi dal Fronte Polisario guidato da Mohamed Lamine Ould Ahmed e sostenuta dall'Algeria. Furono avviate relazioni diplomatiche con diversi stati - principalmente africani e sudamericani - e riconosciuta dall'Unione africana diventandone membro, ma non dalla Lega araba (che non riconosce né il Fronte Polisario né la RADS) e dall'ONU, che ha inserito il territorio nella Lista dei territori non autonomi[1] nel 1963 grazie alla domanda presentata dal Marocco contro l'occupazione spagnola del Sahara occidentale, Ifni e Tarfaya[2].

 La spartizione del Sahara occidentale nel 1975 tra Marocco (rosso) e Mauritania (verde)

Nel periodo 1976-1979, la Mauritania esercitò la propria sovranità sul Tiris el Gharbia, ma, a fronte dei problemi procurati dalla guerriglia, nel 1979 rinunciò alla sovranità su detto territorio, che fu annesso dal Marocco (militarmente più forte e in grado di respingere la guerriglia), andando a costituire la nuova provincia denominata Oued ed-Dahab, controllando la quasi totalità del paese.

 Il Marocco domina la maggior parte del territorio (in colore scuro), mentre il Fronte Polisario controlla una zona dell'entroterra, al confine meridionale con la Mauritania (in giallo)

La lunga guerriglia contro il Marocco è terminata con il cessate il fuoco del 1991, in cambio della promessa di celebrare un referendum sullo statuto definitivo del Sahara Occidentale deciso dall'ONU nel gennaio 1992. Il referendum non si è tuttavia ancora tenuto e nel 2004 la durata della missione ONU (MINURSO) nel paese è stata prorogata per consentire l'esame di una nuova proposta di pace, che prevedeva un referendum entro cinque anni, durante i quali l'area sarebbe stata soggetta a una "Autorità del Sahara Occidentale" guidata da un esecutivo eletto dalla popolazione sahrawi.

Nell'aprile 2007 l'ONU ha ribadito l'impegno a favore di una soluzione politica definitiva[3], che tuttavia non è stata ancora concordata tra le parti.

L'unico censimento condotto nel 1974 dalla Spagna fissa il numero dei sahrawi (gli abitanti del Sahara Occidentale) in 74 902, mentre il censimento effettuato dall'ONU in vista del futuro referendum fissava, nel 2000, gli aventi diritto al voto in circa 84 200.

Il Sahara Occidentale è nella lista delle Nazioni Unite dei territori non autonomi. All'ONU il Sahara Occidentale detiene un posto di osservatore.

Nel dicembre 2020 il presidente statunitense Donald Trump ha firmato una proclamazione con il riconoscimento della sovranità del Marocco sulla regione, nell'ambito della normalizzazione dei rapporti diplomatici tra lo stesso Marocco e Israele; si tratta dell'unico Paese occidentale ad aver preso tale posizione.[4][5]