Lo stesso argomento in dettaglio: Oracolo di Amon.

Nell'antichità Siwa era nota per il tempio dedicato al dio Sole (per gli Egizi Amon), che ospitava un celebre oracolo. Secondo Erodoto, la tribù libica che abitava l'oasi era quella degli Ammonii. Nel VI secolo a.C. il re persiano Cambise II, dopo avere sottomesso l'Egitto, cercò di conquistare l'oasi con un esercito che si perse nel deserto senza più fare ritorno. All'oracolo del dio Ammone (assimilato dai Greci a Zeus) si rivolse, tra gli altri, Alessandro Magno, ricevendone vaticini particolarmente favorevoli e la consacrazione a figlio della divinità. Per i grandi vincoli che univano il conquistatore Macedone all'oracolo, molti sostengono che egli abbia scelto di farsi seppellire proprio nell'oasi, e non ad Alessandria, come comunemente si ritiene.

Le prove dell'esistenza del cristianesimo a Siwa sono incerte, ma nel 708 i Siwani resistettero a un esercito islamico e probabilmente non si convertirono fino al XII secolo. Un manoscritto locale menziona solo sette famiglie per un totale di 40 uomini che vivevano nell'oasi nel 1203.

Nel XII secolo, Al-Idrisi la cita come abitata principalmente da berberi, con una minoranza araba; un secolo prima Al-Bakri affermava che vi abitavano solo berberi. Lo storico egiziano Al-Maqrizi si recò a Siwa nel XV secolo e descrisse come la lingua parlata lì "è simile alla lingua degli Zenata".

Il primo europeo a visitarla dall'epoca romana fu il viaggiatore inglese William George Browne, che vi giunse nel 1792 per vedere l'antico tempio dell'Oracolo di Amon. La studiosa Bompiani, nella descrizione dell'esploratore ottocentesco Luigi Robecchi Bricchetti, chiamò questo sito l'"Oasi di Giove Ammone".[1]

Durante la seconda guerra mondiale, nel 1942, per la sua posizione strategica, l'oasi fu teatro di aspre battaglie e venne occupata dal luglio 1942 fino alla seconda battaglia di El Alamein combattuta all'inizio di novembre dello stesso anno, dalla 136ª Divisione "Giovani Fascisti" del Regio Esercito.

Oggi l'abitato di Siwa si stende ai piedi dell'antica cittadella (Shali), dall'architettura molto suggestiva, che però è costruita quasi tutta con materiali salini presi sul luogo, che con l'umidità tendono a sciogliersi, per cui ogni pioggia richiedeva lunghi restauri.