1585年（天正13年）、加藤清正の父・清忠の冥福を祈るため、日真の開山により大阪に開創されたのに始まる。清正が熊本城主になった後の1600年（慶長5年）、熊本城下に創建されていた瑞龍院に移された。1611年に清正が没し、遺言により中尾山上の浄池廟に清正像を奉安した。1614年（慶長19年）、火災で焼失した本妙寺を浄池廟下の現在地に移転した。

明治時代の神仏分離令によって浄池廟と本妙寺は神社と寺として分けられ、1871年（明治4年）に社殿だけが熊本城内に移され、加藤神社となった。浄池廟の拝殿も撤去された。その後、西南戦争で焼失した大本堂と同時に浄池廟の建物も再建され（明治27年）、現在の姿になった。