エル・キャピタンという名前を付けたのは、マリポサ歩兵大隊で、1851年のことであった。それまでヨセミテに住んでいたネイティブ・アメリカンからは、To-to-kon oo-lahと呼ばれており、これは昔の族長の名前であるとされる。「エル・キャピタン」は、「岩の族長」を指すスペイン語からとった名前である[1]。

1950年代後半からロッククライミングが始まった。

1958年、ウォレン・ハーディングらが、南西壁と南東壁の境目である突端部のルート、「ノーズ (The Nose)」の初登頂に成功した。