Obszar, na którym leży miasto, był określany przez hiszpańskich konkwistadorów jako Cacicazgo de Jagua. W momencie przybycia Europejczyków na wyspę był zamieszkiwany przez Tainów, rdzennych mieszkańców Wielkich Antyli. Cacicazgo w języku Indian oznaczało wodzostwo. Cacicazgo de Jagua[1] oznaczało wodzostwo przywódcy Jagua.

22 kwietnia 1819 miasto obecnie znane jako Cienfuegos, mimo że znajdujące się na terytorium hiszpańskim, zostało założone przez imigrantów w większości pochodzenia francuskiego[2], pod przywództwem Don Louisa de Clouet'a[3]. Osadnicy nazwali miasto Fernandina de Jagua na cześć króla Hiszpanii Ferdynanda VII[4]. Osada z czasem w 1829 stała się miasteczkiem (hiszp: villa) a w 1880 miastem. Nadano mu nową nazwę Cienfuegos, odnoszącą się do nazwiska generała kapitana pełniącego służbę na wyspie w tamtym czasie, Don Joségo Cienfuegosa Jovellanosa[5]. Wiele nazw ulic w starym mieście ma francuskie pochodzenie, np. Bouyón, D'Clouet, Hourruitiner, Gacel, i Griffo.

Mimo stosunkowo późnego założenia Cienfuegos przez Francuzów, miasto szybko stało się jednym z ważniejszych ośrodków na wyspie, głównie ze względu na otaczające je żyzne ziemie i położenie na szlaku handlowym między Jamajką i miastami Ameryki Południowej od południowego wschodu, oraz Santa Clary, stolicy prowincji znajdującej się na północnym wschodzie, w głębi lądu. Cienfuegos stało się miejscem handlu przede wszystkim trzciny cukrowej, tytoniu, owoców mango i kawy. W latach 1853-1860 między miastami wybudowano linię kolejową[6]. Dzięki temu mieszkańcy prowincji Villa Clara i okolic w znacznie krótszym czasie mogli dostać się do Cienfuegos, stamtąd do Batabanó, by następnie parowcem i koleją dotrzeć do Hawany, skracając czasochłonną drogę wiodącą przez niezabudowane obszary[6].