Após a morte do Imperador em 1912, a Dieta do Japão aprovou uma resolução para comemorar seu papel na Restauração Meiji. Um jardim em uma área de Tóquio onde o Imperador Meiji e a Imperatriz Shōken frequentavam foi escolhido como o local do edifício.

A construção começou em 1915 sob o comando de Itō Chūta, e o templo foi construído no estilo tradicional nagare-zukuri e é feito principalmente por cipreste japonês e cobre. Ele foi formalmente dedicado em 1920, concluído em 1921 e seus terrenos foram oficialmente concluídos em 1926.[1] Até 1946, o Santuário Meiji era oficialmente designado um dos Kanpei-taisha (官幣大社), o que significa que era um dos templos xintoístas mais apoiados pelo governo.[2]

A construção original foi destruída durante os bombardeios de Tóquio na Segunda Guerra Mundial. A configuração atual do santuário foi financiada através de um esforço de angariação de fundos públicos e concluída em outubro de 1958.[3]

O Santuário Meiji recebeu atenção nos tempos modernos por recebera visita em 2009 da Secretária de Estado dos Estados Unidos Hillary Clinton. Após chegar em Tóquio em sua primeira visita representando o recém-eleito Presidente Barack Obama, ela foi para o santuário antes da reunião com líderes do Japão para mostrar seu "respeito pela história e cultura do país".[4]

Em janeiro de 2010, o Ministro de Relações Estrangeiras das Alemanha Guido Westerwelle demonstrou o mesmo respeito quando concluiu sua visita ao Japão com uma visita ao templo.[5]