Ver artigo principal: História do xintoísmo

O xintoísmo tem raízes muito antigas nas ilhas japonesas. Sua história registrada remonta ao Kojiki (712) e ao Nihon Shoki (720), porém os registros arqueológicos datam de um período significativamente mais antigo. Ambas as obras são compilações de tradições mitológicas orais já existentes. O Kojiki estabelece a família imperial como o alicerce da cultura japonesa, na condição de descendentes de Amaterasu Omikami. Existe também uma genealogia de criação e aparição dos deuses, de acordo com um mito de criação. O Nihonshoki estava mais interessado em criar um sistema estrutural de governo, política externa, hierarquia religiosa e ordem social interna.

Existe um sistema interno de desenvolvimento xintoísta que configura as relações entre o xintoísmo e outras práticas religiosas ao longo de sua história; os kami ("espíritos") internos e externos. O kami interno ou ujigami (uji significa "clã") favorece a coesão e a continuação dos papéis e padrões estabelecidos; e o hitogami, ou kami externo, traz inovação, novas crenças, novas mensagens e alguma instabilidade.

Os povos joomon do Japão utilizavam-se de habitações naturais, ainda não conheciam o cultivo de arroz, e frequentemente eram caçadores-coletores; a evidência física de suas práticas rituais é de difícil documentação. Existem muitos locais que contêm estruturas rituais de pedra, e conhecem-se práticas funerárias refinadas, além dos antigos Torii, que indicam a continuidade do xintoísmo arcaico. Os joomon tinham um sistema tribal baseado em clãs, similar a muitos dos povos indígenas do mundo. No contexto deste sistema, as crenças locais desenvolveram-se naturalmente, e quando a assimilação entre os clãs ocorreu, as crenças de tribos vizinhas acabaram por influenciar as outras. A um certo ponto, passou a existir um reconhecimento de que os ancestrais criaram as gerações presentes, e a reverência aos ancestrais (tama) tomou forma. Havia algum comércio entre os povos indígenas das ilhas japonesas e o continente, bem como diversas migrações, o que aumentou o crescimento e a complexidade da espiritualidade dos povos locais, através de sua exposição a novas crenças. Esta espiritualidade, no entanto, ainda era centrada no culto às forças naturais, ou mono, e aos elementos naturais dos quais todos dependiam.

A introdução gradual de organizações religiosas e governamentais metódicas a partir da Ásia continental, começada por volta de 300 a.C., plantou as sementes das mudanças reativas que ocorreriam no xintoísmo arcaico, ao longo dos 700 anos seguintes, em direção a um sistema mais formalizado. Estas mudanças foram dirigidas internamente, pelos diversos clãs, frequentemente como forma de um evento cultural sincrético direcionado às influências externas. Com o tempo, à medida que os yamato conquistaram o poder, um processo de formalização se iniciou. A gênese da casa imperial japonesa, e a criação subsequente do Kojiki, ajudou a facilitar a continuidade necessária para este desenvolvimento a longo prazo. O xintoísmo apresenta hoje em dia um equilíbrio entre as influências externas do budismo, do confucionismo, do taoismo, das religiões abraâmicas, do hinduísmo e de crenças seculares que, embora tenha tido conflitos em seu desenvolvimento, aparenta atualmente ser natural e não exclusivo. Em períodos mais modernos o xintoísmo desenvolveu também novas formas e suas próprias subdivisões, e até mesmo expandiu-se para além das fronteiras do Japão, tornando-se uma religião global.

O budismo foi introduzido no século VI e trouxe graves consequências para o xintoísmo. Vindo da Coreia, apresentado ao imperador, o budismo, apesar de algumas resistências iniciais, acabou por triunfar, tendo servido para a consolidação do poder imperial, com o apoio dos governantes locais.

Apesar disto, a tendência geral, e mais conforme à mentalidade do Oriente, foi a de fundir as duas religiões, mas sob a égide do budismo.

Durante longos séculos, o budismo impôs a sua influência, sobrepondo-se à religião tradicional, que porém não desapareceu.

Face ao domínio de uma religião estrangeira desde logo vários pensadores e sacerdotes procuraram manter a dignidade e o papel desempenhado pela religião tradicional. Na Idade Média, vários destes pensadores fizeram uma união entre os dois tipos de divindades, mas em sentido contrário ao já referido: os budas eram na verdade kami encarnados, que assim deixavam o seu estado original para descerem à terra.

Nos séculos XVI e XVII, viveu-se um momento de renascimento da cultura japonesa, com o consequente afastamento de influências estrangeiras. Apesar de o budismo não perder substancialmente o seu terreno, ficou agora relegado para segundo plano, a favor de uma tendência nacionalista que se afirmava, e que atingiria o seu ponto culminante no período seguinte.

No âmbito da ideologia profundamente nacionalista da era Meiji, a escolha de uma religião oficial recaiu naturalmente sobre o xintoísmo, já antes aclamado como a religião verdadeiramente original do povo japonês, considerado pelo regime como superior a todos os outros.

Criou-se então o chamado xintoísmo de Estado, uma espécie de sacralização do Estado, ou melhor, laicização do xintoísmo. De facto, o xintoísmo foi despido do seu carácter religioso para se tornar um dever cívico de reverência ao Estado e ao imperador.

O xintoísmo estatal permaneceu em vigor durante algumas décadas. Como expressão do nacionalismo japonês, exacerbou-se particularmente por ocasião da Segunda Guerra Mundial. Com a derrota do Japão, precipitou-se o seu processo de queda. Em 1946, foi proclamada a nova constituição, pela qual o imperador foi destituído de todas as prerrogativas divinas e de todo o poder político, tornando-se apenas símbolo da unidade nacional.