Довкола походження Синто вирують наукові дебати і політичні пристрасті. Більшість японських вчених, які захищають самобутність своєї нації і релігії, твердять що початки Синто вже можна знайти у неолітному періоді Дзьомон. Їм заперечують насамперед релігієзнавці Заходу з США, які наполягають на тому, що Синто склалося у період Яйой з появою на Японських островах рисівництва та великої кількості північно-азійських мігрантів. Ряд науковців взагалі вважають, що Синто не існувала як релігійна система принаймні до 18-19 століття, а тому варто говорити не про початки Синто, а про існування у доісторичні часи набору вірувань з елементами вшановування богів-духів камі.

На світанку історії мешканці різних регіонів Японії вклонялися різноманітним божествам. З появою і домінуванням держави Ямато у 3-5 століттях, з великої кількості божеств вивищуються боги-камі імператорської родини. Для упорядкування міфів та переказів, а також для створення ієрархії японських богів та доведення вищості богів пантеону Ямато, у 8 столітті були створені книги «Кодзікі» та «Ніхон Сьокі».

Ранні обряди проводилися перед лісами, горами або скелями. Боги-камі не були ще антропоморфними. Храмів або святилищ не існувало. Ситуація змінилася з приходом на Японські острови буддизму. Божества набули людських рис, а їх самих почали вшановувати у невеликих будівлях, які стали згодом святилищами-дзиндзя. Перші з них були зведені у Ідзумо (659) та Ісе (690).

З появою у 6 столітті на Японських островах ієрогліфічної писемності, буддизму а також інших релігійно-філософських концепцій з Китаю, розпочався тривалий процес перетравлювання імпортованих ідей та структуризація японських традиційних вірувань. Перші хроніки 8 століття відобразили систему японської міфології, у яку були закладені поняття ієрархії богів-камі Японського архіпелагу та ідея божественності імператорського роду країни.

Швидке поширення буддизму сприяло змішанню його філософських положень з практикою японського Синто. Утворилася так звана синкретична система сінбуцу сюґо (神仏習合). У цій системі японські стародавні боги-камі, не втрачаючи своєї божественної природи, ставали бодгісаттвами або буддами і оборонцями буддистського Закону. Так зокрема, богиня сонця Аматерасу-Омікамі, до роду якої належали японські імператори, проголошувалась бодхісатвою Дайнічі-Ньорай (Великий будда сонця), центральною маніфестацією Будди.

Мирне співіснування Синто і буддизму тривало до середини періоду Едо. У 18 столітті японські вчені державницької філософської течії «кокуґаку» почали займатися пошуками «японськості» Синто, відкидаючи культурні нашарування попередніх епох. Зокрема Мотоорі Норінаґа (1730—1801) намагався відтворити первісний образ японської релігії, «відчищаючи» її від іноземних концепцій та постулатів. Ця загальна тенденція японської інтелектуальної еліти до поділу Синто і буддизму (神仏分離) набула втілення після реставрації Мейдзі (1868).

З настанням періоду Мейдзі, Синто було відділене від буддизму та проголошене державною релігією. Імператор ставав головним первосвящеником, довкола якого гуртувалися вірні — вся японська нація. Синтоїстські святилища були зведені у новоосвоєних землях Хоккайдо та завойованих територіях Тайваню і Кореї.

З 1871 року японський уряд поділив усі дзиндзя країни на 12 ступенів, які починалась святилищем імператорського роду в Ісе і закінчувались малими «капличками» у містах і селах. Держава організувала у навчальних закладах курси з основ Синто. Священики були прирівняні до державних службовців. Вперше були сформульовані синтоїстські догмати. Реформування Синто сприяло росту японського націоналізму, який поєднав західну ідеологію побудови нації зі східним містицизмом.

У 1945 році, з поразкою Японії у другій світовій війні та проголошенням принципу розмежування світської і духовної влади, Синто як державна релігія перестала існувати.

Хоча після війни Синто перестало бути основною релігією держави, а її голова, імператор Хірохіто проголосив, що він не є «богом», більшість японців залишились відданими цьому віровченню. Багато синтоїстів повернулись до споконвічного синкретизму з буддизмом. Опитування, які були проведені у 1970-х роках, засвідчили, що дві третини японців є водночас і буддистами, і синтоїстами.

Сучасні святилища-дзиндзя намагаються допомагати простим людям, обіцяючи їм «налагодження зв'язків» із місцевими богами-камі та пращурами. Більшість мешканців Японії відвідують святилища на Новий рік та свята мацурі. Синто продовжує відігравати важливу роль у житті японців.