Аббатство Линдау впервые упоминается в документе монастыря Св. Галла, датированном 882 годом. Как и Райхенау, это был монашеский остров с двумя обителями — женской и мужской.

В 1275 г. Рудольф I Габсбург даровал поселению права вольного имперского города. Хотя в 1528 г. жители окончательно порвали связи с Ватиканом, присоединившись к Реформации, имперское аббатство сохранило свой статус и назначение. Монтень, посетивший остров в 1581 г., отметил в дневнике мастерство местных поваров.

С развалом Священной Римской империи (1802) остров Линдау перешёл в руки князя Карла Августа фон Бретценгейма, незаконнорожденного сына баварского курфюрста. В 1804 г. князь уступил остров Габсбургам, а те через год передали его баварским Виттельсбахам.

В 1850-е гг. король Максимилиан II превратил Линдау в главный порт Баварского королевства. Здесь была обустроена живописная гавань с маяком (единственным в Баварии) и статуей геральдического льва. В честь короля получила название главная улица города — Максимилианштрассе. Во время Второй мировой войны старый город не пострадал.