З найдавніших часів територія нинішньої Намібії була населена бушменами (санськими) племенами (які займалися полюванням і збиранням), пізніше туди прийшли готтентоти — нама і дамара (кочівники-скотарі).

Приблизно з XVI століття з півночі почали проникати племена банту — гереро, овамбо, каванго, йейе, тсвана і ін. Наприкінці XVIII століття овамбо відтіснили гереро, а також готтентотів, на південь. У 1830-х роках знову прийшло з Капської колонії готтентотське плем'я нама на чолі з вождем Йонкером Африканером і підкорило племена гереро і дамара.

Європейці прийшли в ці посушливі землі порівняно пізно — лише в 1878 році Велика Британія приєднала Волфіш-Бей до Капської колонії. В 1883 році німецький купець Адольф Людериц викупив ділянку узбережжя в районі бухти Ангра-Пекена у одного з місцевих вождів племені нама — за 200 рушниць і товарів вартістю 100 фунтів стерлінгів.

За англо-німецьким договору 1890 все узбережжя сучасної Намібії, виключаючи Волфіш-Бей, відійшло до Німеччини. Таким чином, були визначені межі колонії Німецька Південно-Західна Африка.

Німецька влада заохочували приїзд білих колоністів, які займали землі у місцевого населення. На початку 1904 року під керівництвом вождя Самуеля Магареро гереро підняли повстання, убивши більше сотні німецьких поселенців. Німеччина направила в Південно-Західну Африку 14 000 солдатів на чолі з генералом Лотаром фон Трота, який оголосив, що всі гереро повинні бути вигнані з країни. У битві при Ватерберзі гереро зазнали тяжкої поразки. Ті, що вижили спробували дістатися через Калахарі в британське володіння Бечуаналенд (нині Ботсвана): Британія обіцяла дати гереро притулок, якщо вони не будуть продовжувати повстання. Багато загинули, не витримавши цього переходу.

За даними 1905 року, коли німці провели перший перепис населення, в Південно-Західній Африці залишалося близько 25 000 гереро, в основному жінки і діти. Вони були поміщені в концентраційні табори, подібні тим, що англійці влаштовували в часи війни проти бурів.

Незабаром після придушення повстання гереро проти німців виступили нама. Їх лідерами були Хендрік Вітбоой і Якоб Моренго. Бойові дії тривали до березня 1907 року, коли було підписано мирну угоду (хоча Моренго вів партизанську війну і пізніше). Оцінки чисельності нама, загиблих в ході повстання, сильно коливаються: по всій видимості, їх було близько 40 тисяч.

У ході Першої світової війни, у 1915 році, війська Південно-Африканського Союзу захопили Намібію. В 1920 році ПАС отримав від Ліги Націй мандат на управління Південно-Західною Африкою. Після припинення діяльності Ліги ПАР відмовилася здати мандат і продовжувала контролювати цю територію, встановивши там режим апартеїда. ПАР розглядала Намібію як буфер, що захищає країну від «ворожих» держав Чорної Африки. Біла меншість Намібії була представлено в парламенті ПАР. Волфіш-Бей, з 1878 року становив частину Капської колонії і не входив до складу Німецької Південно-Західної Африки, був включений англійцями до складу Південно-Західної Африки в 1915 році і був повернутий ПАР лише наприкінці 1970-х. Таким чином на момент прийняття Декларації ООН про деколонізацію (1960 рік) Волфіш-Бей опинився у складі Намібії, внаслідок чого держави-члени ООН не визнали його зворотню передачу до складу ПАР. Волфіш-Бей перейшов під контроль Намібії в 1994 році.

 

Серія поштових марок ООН, випущена для Намібії в 1975 році

З 1966 року Народна організація Південно-Західної Африки (СВАПО) почала боротьбу за незалежність від ПАР. Бази СВАПО розміщувалися на території Анголи і Замбії, а підтримку їм надавав Радянський Союз: офіційною ідеологією СВАПО був марксизм. Саме тоді вперше стало вживатися назва «Намібія». Міжнародне співтовариство також не визнавало право ПАР на управління цією територією. Проте лише в 1988 році влада ПАР погодилася піти з Намібії. 21 березня 1990 року в присутності Генерального секретаря ООН і президента ПАР була проголошена незалежність Намібії.

Першим президентом Намібії став лідер СВАПО Сем Нуйома. Він займав цей пост три терміни. 21 березня 2005 року президентом Намібії став колишній міністр із земельних питань Хіфікепуньє Похамба, який одержав на виборах більше 75 % голосів.

У 1994 році представники народу лозі оголосили про створення Армії визволення Капріві, метою якого є набуття незалежності цієї території, що спричинило за собою спробу збройного заколоту. Наразі протистояння стихло, з 2001 року смуга Капріві знову оголошена безпечною для туристів.