С древнейших времён территория нынешней Намибии была населена бушменскими (санскими) племенами (занимавшимися охотой и собирательством), позже туда пришли готтентоты — нама и дамара (кочевники-скотоводы).

Примерно с XVI века с севера начали проникать племена банту — гереро, овамбо, каванго, йейе, тсвана и другие. В конце XVIII века овамбо оттеснили гереро, а также готтентотов, на юг. В 1830-х годах вновь пришедшее из Капской колонии готтентотское племя нама во главе с вождём Йонкером Африканером подчинило племена гереро и дамара.

Европейцы пришли в эти засушливые земли сравнительно поздно — лишь в 1878 году Великобритания присоединила Уолфиш-Бей к Капской колонии. В 1883 году немецкий купец Адольф Людериц выкупил участок побережья в районе бухты Ангра-Пекена у одного из местных вождей племени нама — за 200 ружей и товаров стоимостью 100 фунтов стерлингов.

По англо-германскому договору 1890 года всё побережье современной Намибии, исключая Уолфиш-Бей, отошло к Германии. Таким образом, были определены границы колонии Германская Юго-Западная Африка.

Немецкие власти поощряли приезд белых колонистов, занимавших земли местного населения. В начале 1904 года под руководством вождя Самуэля Магареро гереро подняли восстание, убив более сотни немецких поселенцев. Германия направила в Юго-Западную Африку 14 000 солдат во главе с генералом Лотаром фон Трота, который объявил, что все гереро должны быть изгнаны из страны. В битве при Ватерберге гереро потерпели тяжёлое поражение. Выжившие попытались добраться через Калахари в британское владение Бечуаналенд (ныне Ботсвана): Британия обещала дать гереро убежище, если они не будут продолжать восстание. Многие погибли, не выдержав этого перехода.

По данным 1905 года, когда немцы провели первую перепись населения, в Юго-Западной Африке оставалось около 25 000 гереро, в основном женщины и дети. Они были помещены в концентрационные лагеря, подобные тем, что англичане устраивали во времена войны против буров.

Вскоре после подавления восстания гереро против немцев выступили нама. Их лидерами были Хендрик Витбоой и Якоб Моренга. Боевые действия продолжались до марта 1907 года, когда было подписано мирное соглашение (хотя Моренга вёл партизанскую войну и позже). Оценки численности нама, погибших в ходе восстания, сильно колеблются: по всей видимости, их было около 40 000.

В ходе Первой мировой войны, в 1915 году, войска Южно-Африканского Союза захватили Намибию. В 1920 году ЮАС получил от Лиги Наций мандат на управление Юго-Западной Африкой. После прекращения деятельности Лиги ЮАР отказалась сдать мандат и продолжала контролировать эту территорию, установив там режим апартеида. ЮАР рассматривала Намибию как буфер, защищающий страну от «вражеских» государств Чёрной Африки. Белое меньшинство Намибии было представлено в парламенте ЮАР. Уолфиш-Бей, с 1878 года составлявший часть Капской колонии и не входивший в состав Германской Юго-Западной Африки, был включён англичанами в состав Юго-Западной Африки в 1915 году и был возвращён ЮАР лишь в конце 1970-х. Таким образом на момент принятия Декларации ООН о деколонизации (1960 год) Уолфиш-Бей оказался в составе Намибии, вследствие чего государства-члены ООН не признали его обратную передачу в состав ЮАР. Уолфиш-Бей перешёл под контроль Намибии в 1994 году.

 

Серия почтовых марок ООН, выпущенная для Намибии в 1975 году (Скотт: Нью-Йорк #263 и #264, Женева #53 и #54)

С 1966 года Народная организация Юго-Западной Африки (СВАПО) начала борьбу за независимость от ЮАР. Базы СВАПО размещались на территории Анголы и Замбии, а поддержку им оказывал Советский Союз: официальной идеологией СВАПО был марксизм. Именно тогда впервые стало употребляться название «Намибия». Международное сообщество также не признавало право ЮАР на управление этой территорией. Однако лишь в 1988 году власти ЮАР согласились уйти из Намибии. 21 марта 1990 в присутствии Генерального секретаря ООН и президента ЮАР была провозглашена независимость Намибии.

Первым президентом Намибии стал лидер СВАПО Сэм Нуйома. Он занимал этот пост три срока. 21 марта 2005 президентом Намибии стал бывший министр по земельным вопросам Хификепунье Похамба, получивший на выборах более 75 % голосов.

В 1994 году представители народа лози объявили о создании Армии освобождения Каприви, целью которого является обретение независимости этой территории, что повлекло за собой попытку вооружённого мятежа. В настоящее время противостояние утихло, с 2001 года полоса Каприви вновь объявлена безопасной для туристов.