1923 року Національний музей у Багдаді створила мандрівниця, археолог, офіцер розвідки Гертруда Білл. Головною метою організації музейного зібрання було збереження культурно-історичної спадщини Іраку. Гертруда Білл вважала, що зібрані колекції допоможуть усвідомити і підтримати знання іракців про походження їхньої країни. Крім того, вона сама керувала археологічними розкопками і вивченням знахідок, артефактів.

Спочатку музей був відомий як Багдадський археологічний музей і розташовувався у палаці короля Фейсала I.

У 1926 році музейна колекція переїхала в окреме приміщення, відтоді ж музей почав приймати відвідувачів. На цей час багатотисячні знахідки археологічних експедицій, що працювали в Межиріччі, вже не вміщалися в скромному будинку на вулиці Аль-Маамун.

І лише в 1966 році Національний музей Іраку отримав нове просторе приміщення. Тепер у 28 галереях і склепах розмістилися безцінні реліквії, артефакти, колекції, хроніки історії стародавніх цивілізацій Месопотамії.

У 1988 році до наявних експонатів долучилися унікальні золоті предмети зі Скарбниці Німрода, однієї з найбагатших археологічних знахідок XX століття.

Після вторгнення Іраку в Кувейт (1990) Саддам Хусейн завбачливо дав вказівку заховати скарби Німрода в сейфи Національного Банку Іраку.

Музей закрився у 1991 році на тривалі 9 років під час війни в Затоці, в розпал операції «Буря в пустелі», через побоювання дальших повітряних ударів. Тільки 28 квітня 2000 року, у свій 63-й день народження, Саддам Хусейн дозволив відкрити для відвідувачів Національний музей. Проте «золото Німрода» відвідувачі тоді не побачили. Про долю скарбниці не було відомо до 2003 року.

У квітні, під час боїв у Багдаді, службовці музею вийшли з будівлі через стрілянину між іракським підрозділом, який перебував на музейному подвір'ї, та американцями. За деякими даними, мародери грабували музей майже 48 годин. Для оцінювання заподіяних збитків потрібні були місяці. З музею зникло близько 15 тисяч предметів, багато з яких є безцінними.

Полковник М. Богданос організував розслідування події, з'ясувавши справжній стан речей. Його людям вдалося переконали мешканців Багдада, що у разі повернення викрадених цінностей з колекцій Національного музею Іраку їм нічого не загрожує. Завдяки цим повідомленнями про амністію злодіїв, за декілька місяців у музей передано близько 2000 експонатів. У ході спецрейдів виявлено таку ж кількість історичних предметів. Зусиллями митників Сирії та Лівану, Інтерполу і ФБР протягом 5 років були доставлені назад до Багдада 1,5 тисячі цінних речей, що належали Національному музею Іраку. Пізніше М. Богданос написав книгу про своє розслідування під назвою «Багдадські злодії».

Отже, після 6 років закриття через американське вторгнення та окупацію Іраку, 23 лютого 2009 року відбулося офіційне повторне відкриття Національного музею Іраку. Багато хто з фахівців, у тому числі дослідників і музейників, був проти відкриття й стверджував, що умови безпеки далеко не найкращі й колекція музею — під загрозою нових пограбувань.

7 вересня 2010 агенція Associated Press повідомила, що 540 розграбованих предметів повернуто до Іраку[1][2][3].