Naarden lag vor dem 14. Jahrhundert etwa drei Kilometer nördlich der heutigen Stadt, wurde zu Beginn der Haken-und-Kabeljau-Kriege zerstört und 1350–1355 als befestigte Stadt (mit Stadtrecht) am heutigen Ort wiederaufgebaut. Von 1411 bis etwa 1683 war Naarden eine Hafenstadt, die als Privileg ausgedehnte Fischereirechte besaß. Im 15. und 16. Jahrhundert gab es ein blühendes Textilgewerbe.

Die Stadt wurde im Achtzigjährigen Krieg 1572 von den Spaniern eingenommen, die nach der Kapitulation der Stadt 700 Einwohner ermordeten („Bloedbad van Naarden“).[1] 1672 eroberten die Franzosen im Holländischen Krieg Naarden, im Jahr darauf gewann Wilhelm III. von Oranien-Nassau die Stadt zurück. Von 1675 bis 1685 wurde Naarden zur Festungsstadt umgestaltet.

Der berühmte mährische Pädagoge, Theologe und Philosoph Johann Amos Comenius lebte zeitweilig in Naarden und wurde hier beerdigt.

Als um 1905 die Gemeinde Amsterdam den See namens Naardermeer gekauft hatte und als Stadtmülldeponie benutzen wollte, erhoben sich Naturfreunde unter der Leitung von Jac P. Thijsse erfolgreich dagegen. Der Erwerb dieses ersten Naturreservates in den Niederlanden führte zur Errichtung der Vereniging Natuurmonumenten, die immer noch der wichtigste Naturschutzbund des Landes ist.

Zum 1. Januar 2016 schloss sich die damals selbständige Gemeinde Naarden mit Bussum und Muiden zur neuen Gemeinde Gooise Meren zusammen.