Jatorrizko eliza IV. mende hasieran eraiki zuen[1] (301 eta 303 artean tradizioaren arabera) Armeniako patroi Gregorio Iluminatzaileak, Tiridates III.a erregeak kristautasuna estatu-erlijiotzat hartu zuenean. Lehenagoko tenplu bat ordezkatu zuen, armeniar paganismotik kristautasunerako bilakaera irudikatuz. Egungo eraikinaren muina 483an eraiki zuen Vahan Mamikonian nobleak, persiarrek katedrala larri kaltetu ondoren. Fundatu zenetik V. mendeko bigarren erdiraino, Ejmiatsin Katholikosaren egoitza izan zen, hau da, Armeniar Elizaren buruaren egoitza nagusia.

Nahiz eta garrantzia inoiz ez galdu, katedralak halako utzikeria jasan zuen. 1441ean elizburua bertan berrezarri zen eta horrela dirau gaur arte[2]. Harrezkero, Armeniar Elizaren egoitza administratibo nagusia da.

Safaviek Ejmiatsin arpilatu zutenean 1604ean, erlikiaak eta harriak katedraletik eraman zituzten Julfa Berrira (Teherango armeniar auzora), armeniarren lurraldearekiko atxikimendua ahultzeko. Harrezkero, katedralak berrikuntza ugari izan ditu. XVII. mende amaieran ezkila-dorreak gehitu zizkioten eta 1868an sakristia eraiki ekialdean[3].

Sobiet garaian gutxiagotua, Ejmiatsin biziberritu egin zen XX. mendearen bigarren erdian eta, batez ere, Armeniak independentzia lortzean[3].