Sinagoga Alta (checo: Vysoká synagoga) foi financiada por Mordechai Maisel, e foi rematada en 1568, o mesmo ano que a cidade xudía. Salón. Probablemente foi o modelo da Sinagoga Alta de Cracovia, que foi construída en 1556 en Polonia. A casa foi deseñada por P. Roder en estilo renacentista (o construtor supervisor foi o mestre Rada). Foi deseñado como un lugar de predicación para os concelleiros do concello xudeu. No centro había bimah, rodeada de asentos. Mordechai Maisel deu pezas de Torá e ferramentas de prata á sinagoga. O teito de estuco era bóveda de crucería gótica.

En 1689 foi destruída polo Gran Incendio. A sinagoga foi reconstruída.

En 1883 a sinagoga foi reconstruída por J. M. Wertmüller. Durante esta modificación simplificouse a fachada ao aspecto moderno.

En 1907 pechouse a entrada leste e fíxose unha nova que dá á rúa Vermella (Červená ulice).

Outras reconstrucións foron durante 1961, 1974–79 e 1982.

Durante o dominio nazi e comunista, a sinagoga formaba parte do Museo Xudeu e había unha exposición de libros antigos hebreos.