Città di origine Tuaregh o Songhai, Timbuctù raggiunse il massimo del suo splendore tra il 1300 e il 1500, quando fu un importante polo culturale e commerciale del mondo arabo e così ricca d'oro da essere considerata una sorta di Eldorado del tempo. Leone l'Africano raggiunse Timbuctù nel 1526 e scrisse che “qui c'è un gran stuolo di dottori, giudici, preti e altri uomini di cultura che sono mantenuti riccamente dalla generosità del re. Qui vengono portati diversi manoscritti e libri scritti da fuori della barbaria, che sono venduti qui ad un prezzo più alto di qualsiasi altro bene”. È celebre il suo Sultano Mansa Musa che organizzò un pellegrinaggio a La Mecca con oltre 8000 portatori e centinaia di dromedari.

Considerata, per le sue favolose ricchezze e per la sua inaccessibilità, un luogo più mitico che reale, in Europa si discusse della sua esistenza sino al 1806, quando l'esploratore Mungo Park la raggiunse seguendo il corso del fiume Niger, anche se non riuscì a tornare indietro. Il primo che ne diede un resoconto fu René Caillié.

La città, pur non godendo delle ricchezze materiali di un tempo, conserva una piccola parte delle eredità culturali del passato, tra cui 700.000 manoscritti arabo-islamici dei secoli XIII-XVI (vedi i Manoscritti islamici di Timbuctù), tra cui le opere di Avicenna, vari dei quali giunti dalla Spagna in seguito alla Reconquista, anche se un gran numero è scritto, usando caratteri arabi, in lingue africane locali, le cosiddette "lingue ajami".

Moltissime delle costruzioni della città sono state erette col fango - che garantisce una certa solidità -, dato che la città si trova in una regione desertica del Mali - l'Azawad - e la possibilità che piova è prossima allo zero.

La città è a rischio a causa della Guerra in Mali; nel luglio del 2012 è stato distrutto un santuario da una cellula di Al Qaida, e le demolizioni sono proseguite il 21 dicembre, interessando altri quattro edifici dichiarati patrimonio dell'Umanità: la Corte penale internazionale ha inflitto una condanna a nove anni al responsabile della milizia autrice di questi delitti[1].