Timbuktu'da antik kalıntılar, ilk yerleşimin MÖ 5. yüzyılda başladığını göstermektedir.[1] 11. yüzyıla kadar dönemsel bir yerleşim yeri olarak kullanılan Timbuktu, 12. yüzyılda kalıcı bir şehir haline geldi. Büyük Sahra'nın ticaret yollarının Timbuktu üzerinden geçişiyle tuz, altın, fildişi ticareti bölgede gelişti. Şehir, 14. yüzyılın başlarında Mali İmparatorluğu'nun bir parçasıydı. 15. yüzyılda ilk yarısında Tuaregler bir süre için şehrin kontrolünü ele geçirdi. Ardından Songhay İmparatorluğu şehri topraklarına kattı. 16. yüzyılda Fas'lı Saadi Hanedanlığı Timbuktu'yu alarak başkent yaptı. 17. yüzyılda Fas'tan bağımsız bir yönetim kuruldu. Daha sonra Fransızlar'ın hakimiyetiyle 18. yüzyıla kadar önemli bir akademik eğitim ve kültür merkezi olan Timbuktu'nun altın çağı sona erdi. 1960'ta şu anki Mali Cumhuriyeti'nin bir şehri olana kadar geçen süreçte Fransız egemenliğinde kaldı.[2]