紀元前1000年頃、フェニキア人が現在のマラガの位置に「マラカ」（Malaka）という都市を建てた。「マラカ」の名はおそらくフェニキア語の「塩」から来ており、港で魚が塩漬けにされたことによる。その6世紀ほど後、カルタゴの領土だったイベリア半島の他の地域と共に、ローマ人により征服された。5世紀からは西ゴート王国の支配下に入った。

8世紀にイベリア半島はイスラム教徒に征服され、マラガは重要な貿易の中心地となった。マラガは後ウマイヤ朝に領有された後、タイファ時代にはグラナダとは独立した王国の首都となった。この時期、マラガは「マラカー」（アラビア語：مالقة）と呼ばれていた。レコンキスタの最終期になってから1487年にスペイン王国に征服された。1704年に沖合でスペイン継承戦争の局地戦であるマラガの海戦が起こった。

 

1572年当時のマラガ

 

スペイン内戦中のマラガの戦い

1919年にはマラガ空港が開港し、フランスのトゥールーズ、スペインのバルセロナとアリカンテとマラガ、アルジェリアのカサブランカを結ぶ定期便の航路に組み込まれた。1920年代、詩人のフェデリコ・ガルシア・ロルカを含むマラガの知識人は、フラメンコ歌手が歌うカフェ・デ・チニータスを社交の場とした。1931年3月14日にスペイン第二共和政が成立すると、スペイン各地で修道院や教会などの宗教施設が破壊される暴動が起こり、マラガはスペインの中でも修道院焼き討ち(英語版)が特に激しかった都市となった。この焼き討ちでは多くの歴史資料・宗教画・図書資料などが破壊されており、17世紀の彫刻家であるペドロ・デ・メナ（英語版）の作品なども破壊されている。

1936年7月にスペイン内戦が勃発すると、1937年2月初頭にはマラガの戦い（英語版）が起こり、共和国派の支配下にあったマラガはフランシスコ・フランコ率いるナショナリスト派とイタリア軍の攻撃にさらされた。約1週間の戦いで共和国派が敗北し、マラガはナショナリスト派に占領された。多くの民間人や兵士がアルメリアに向かって敗走したが、空軍・海軍・戦車・砲兵などによって攻撃されるマラガ＝アルメリア道の虐殺（英語版）も起こった。

1950年代以降にはコスタ・デル・ソルの観光ブームが起こり、多くの外国人観光客が訪れたことでマラガの経済は発展した。この時代にはマラガ県各地から県都マラガへの人口の移動も起こっている。1972年8月18日には既存の高等教育機関を統合し、マラガ県初の公立大学であるマラガ大学が設立された。1988年9月27日にはマラガからトレモリーノスが分離されて独立したムニシピオ（基礎自治体）となった。これによってマラガの人口は約5万人（約10%）減少している。1992年には先端技術を扱う企業などが入るアンダルシア・テクノロジーパーク（英語版）が発足した。