约公元前1000年，由腓尼基人興建了Malaka，这个名字可能源自腓尼基语的“盐”[1]，因为此地港口附近的鱼都比较鹹。

约七个世纪以后，罗马帝国征服包括马拉加在内的迦太基西班牙地区。从五世纪开始，西哥特人将马拉加置于统治之下。8世纪，隨著摩尔人征服了西班牙，马拉加成为重要的贸易中心。在此期间，它被称为Mālaqah。統治勢力一直變更到收复失地运动的末期，马拉加又重新成为基督教占主导的城市，不斷發展至今。

在1936年西班牙内战期间，马拉加遭遇了意大利和西班牙叛军的空袭。1960年代，城市附近的太阳海岸极大地推进了马拉加经济的发展。