Najstarsze znalezione fragmenty ceramiki pochodzą z okresu późnohellenistycznego i wczesnorzymskiego[1].

W 184 roku p.n.e. miasto zostało zdobyte przez Eumenesa II (?–159 p.n.e.), zabrane Bitynii pod panowaniem Prusjasza I (ok. 255–182 p.n.e.) i przyłączone do królestwa Pergamonu[1]. W 133 roku p.n.e. zdobyte przez Rzymian[1]. Stało się najważniejszym miastem w północnej Frygii[2]. Okres jego największego rozkwitu przypada na II w. n.e., kiedy miasto funkcjonowało jako prężny ośrodek transportu i handlu zbożem, winem i wełną[3] . W okresie świetności wzniesiono tu m.in. teatr, stadion, łaźnie i nekropolę[2].

W okresie wczesnego Bizancjum miasto było siedzibą biskupa[3] . Utraciło znaczenie po VII w. – w średniowieczu wzgórze świątynne zostało przekształcone w fortecę, która służyła Seldżukidzom[3] .

W 2012 roku Aizanoi zostało wpisane na turecką listę informacyjną UNESCO – listę obiektów, które Turcja zamierza rozpatrzyć do zgłoszenia do wpisu na listę światowego dziedzictwa UNESCO[3] .