Η αρχαία ιστορία της πόλης καλύπτεται από διάφορους μύθους, μεταξύ των οποίων φέρεται να ιδρύθηκε από τον Οδυσσέα, του οποίου το λατινικό όνομά είναι "Ulysses". Αυτό συνάγεται εκ του αρχαίου ιστορικού ονόματός της, σύμφωνα με αρχαιολογικά ευρήματα, που ήταν Ulissipo, ή Olissipo. Επί ρωμαϊκών χρόνων έφερε το όνομα "Felicitas Julia". Μετά τους Ρωμαίους και τους Τεύτονες επιδρομείς που ακολούθησαν, όταν η περιοχή καταλήφθηκε το 714 από τους Μαυριτανούς, μετά τη νίκη της Γουαδελέτης, μετονόμασαν την πόλη σε "Αλ Οσμπούνα" ή "Λασμπούνα". Από το 844 μέχρι το 1422 η Λασμπούνα αποτελώντας την πρωτεύουσα της ευρύτερης περιοχής και του νέου χριστιανικού Βασιλείου απετέλεσε το μήλο της έριδος πολλών επιδρομέων με αντίστοιχες καταστροφές, μέχρι που πυρπολήθηκε το 1373 από τους Ισπανούς.

Λίγο αργότερα, με την ανακάλυψη του λεγόμενου Νέου Κόσμου, τη ναυπήγηση τεράστιων ιστιοφόρων και την απότομη αύξηση του εμπορίου η Λισαβόνα κατέστη μία από τις πλουσιότερες πρωτεύουσες της Ευρώπης. Τα διάφορα όμως γεγονότα που ακολούθησαν κυριολεκτικά εξαφάνισαν την ευημερία εκείνη. Μεταξύ αυτών επιγραμματικά αναφέρονται: η δίωξη των Εβραίων το 1497, ο σεισμός του 1531, η μόνιμη εγκατάσταση της Ιερής Εξέτασης στη Λισαβόνα το 1536, ο σεισμός του 1551, η πανώλη του 1569, καθώς και η πανωλεθρία του Αλκαζάρ Κεμπίρ στο Μαρόκο, το 1578, όπου φονεύθηκε ο βασιλιάς Σεβαστιανός και μένοντας εν χηρεία ο θρόνος ακολούθησε η επιβολή της ισπανικής κυριαρχίας που διατηρήθηκε επί 60 χρόνια, μέχρι το 1640. Στη συνέχεια άρχισε και πάλι η πόλη να ανακάμπτει οικονομικά, όταν τότε συνέπεσε η ανακάλυψη της Βραζιλίας με τον εισαγόμενο εξ αυτής πλούτο.
Δυστυχώς όμως και αυτή η νέα περίοδος ευημερίας τερματίσθηκε απότομα με τον μεγάλο σεισμό της Λισαβόνας που σημειώθηκε στις 1 Νοεμβρίου του 1755, όπου το μεγαλύτερο μέρος της πόλης ισοπεδώθηκε. Ακολούθησε η ανοικοδόμηση της πόλης επί των ερειπίων της. Πριν όμως προλάβει να ολοκληρωθεί ξέσπασαν οι Ναπολεόντειοι Πόλεμοι κατά τους οποίους η πόλη απετέλεσε μεγάλη βάση των Άγγλων εναντίον των οποίων στάλθηκαν γαλλικά στρατεύματα υπό τον στρατηγό και μετέπειτα στρατάρχη Ζαννό ντε Μονσέ ο οποίος και κυρίευσε την πόλη.

Μετά το τέλος του Ναπολέοντα όπου η χώρα απελευθερώθηκε, ο Βασιλιάς Ιωάννης ΣΤ΄ ενέκρινε το νέο φιλελεύθερο σύνταγμα γεγονός που προκάλεσε εμφύλιο πόλεμο κατά τον οποίο η Λισαβόνα κατέστη το επίκεντρο των συγκρούσεων. Μη μπορώντας τελικά ο Βασιλιάς να σταματήσει τις εμφύλιες συγκρούσεις αναγκάσθηκε να εγκαταλείψει τον θρόνο. Επί του γεγονότος αυτού συνέβη νέος σεισμός (του 1910) και ακολούθησαν άλλοι το 1915, το 1917, το 1919 και το 1927 προκαλώντας συνεχείς καταστροφές στην πόλη.
Στη διάρκεια του Β' Π.Π. χιλιάδες πρόσφυγες από διάφορες χώρες της Ευρώπης κατέφυγαν στη Λισαβόνα προκειμένου να μεταβούν στη συνέχεια στις ΗΠΑ ή την Αγγλία. Μετά τον πόλεμο στην πόλη κατέφυγαν και πολλοί Ιταλοί εξόριστοι. Στις 20 Φεβρουαρίου του 1952 συνήλθε στη Λισαβόνα το Συμβούλιο του Βορειοατλαντικού συμφώνου του ΝΑΤΟ όπου στην αίθουσα του πορτογαλικού κοινοβουλίου λήφθηκε η απόφαση της αύξησης μέτρων της αμυντικής ισχύος του Οργανισμού. Στη σύνοδο εκείνη παρευρέθηκαν και οι αντιπροσωπείες Ελλάδας και Τουρκίας προκειμένου να προπαρασκευασθεί η είσοδος των δύο χωρών στον Αμυντικό Οργανισμό.