ロシア内戦中は自治バシコルトスタンと言う反ボリシェヴィキの勢力が存在した。1919年3月23日より、バシキール自治ソビエト社会主義共和国。ソビエト連邦の解体に伴い、1992年3月31日よりロシア連邦の共和国。初代大統領はモルタザ・ギョバイドゥッラ・ラヒモフ（ムルタザ・ラヒモフ）。ラヒモフは2003年12月の選挙で3選されたが、そのときの選挙について欧州安全保障協力機構（OSCE）は不正が行われたと非難した。2006年に4選され、2010年7月に任期を残して辞任を表明。後継にはルステム・ハミトフ（ロシア語版、英語版）が指名され就任した。2015年1月1日より元首格の職位を首長に変更。ハミトフが2018年10月11日まで同職を務めた後に辞表を提出、ラディー・ハビロフ（ロシア語版）が暫定首長に就任した（2019年9月8日に正式に首長就任）。

2022年ロシアのウクライナ侵攻では、ウクライナに向けて多数のバシコルトスタン共和国出身の兵士が動員され、同年8月時点で171人が戦死した[1]。